Hola acabo de empezar con la bioinformática y me gustaría saber que programas son los mejores para la tarea de encontrar circRNA (ARN circular) en secuencias de tejidos y diferentes tipos celulares. Escuché sobre el buscador de circRNA, find circ, CIRCexplorer, CIRI y MapSplice, que son programas diferentes para encontrar circRNA, pero realmente no sé cuál es el más usado y fácil de usar, y cuál es el más preciso para encontrar circRNA.
Según el artículo más reciente ( https://doi.org/10.1093/bib/bbx014 ), CIRI2 muestra un rendimiento equilibrado en sensibilidad y FDR.
"Los métodos de detección computacional se han utilizado ampliamente en estudios sobre la biogénesis y la función de los ARN circulares (circRNA). Sin embargo, todas las herramientas existentes mostraron desventajas en ciertos aspectos de la detección de circRNA. Aquí, proponemos una herramienta mejorada de detección de subprocesos múltiples, CIRI2 , que usó una estimación de máxima verosimilitud adaptada basada en la coincidencia de semillas múltiples para identificar lecturas de empalmes inversos y filtrar falsos positivos derivados de secuencias repetitivas y errores de mapeo. Establecimos criterios de evaluación objetivos basados en datos reales de muestras tratadas con RNase R y sistemáticamente comparó 10 herramientas de detección circular, lo que demostró que CIRI2 superó a su versión anterior CIRI y todas las demás herramientas ampliamente utilizadas, con sensibilidad, confiabilidad, duración y uso de RAM notablemente equilibrados".
David