Finalmente me di cuenta de que tenía varios problemas:

• Utilicé CMYK gris oscuro: (c0,m0,y0,k95) que se convirtió al exportar a gris claro (aunque en la configuración de salida de InDesign se configuró en Display all blacks as rich black). Lo resolví agregando color al gris (c60,m50,y50,k80)
• Las imágenes estaban en RGB, por lo que el color cambió un poco al exportar. Convertido todo a CMYK con Photoshop, así que no hay sorpresas.
• En export settings > outputtuve que usar la conversión de color> convertir a CMYK

Y obtuve todos los colores correctamente en el PDF

Espacios de color en conflicto.

Sospecho que tienes espacios de color en conflicto.

CMYK y RGB son modelos de color , que no tienen sentido sin un espacio de color para definir esos colores. Ejemplos de espacios de color comunes son Adobe RGB, sRGB, FOGRA27/FOGRA39 (CMYK), SWAP 2 (CMYK), etc.

Debe asegurarse de que su documento de InDesign, las imágenes colocadas, el espacio de combinación de transparencias y los espacios de color de destino de exportación coincidan.

Perfil de color del documento

Esto se aplica a su documento de Indesign y a cualquier imagen colocada.

Puede cambiar el perfil de color de un documento de dos formas.

• Asignar perfil Edit → Assign Profile...

  Esto cambia el espacio de color del documento pero no cambia ninguno de los valores de color existentes en el documento. Esto puede cambiar la apariencia de los colores que se muestran en su monitor.

• Convertir a perfil Edit → Convert to Profile...

  (Solo disponible en InDesign, Photoshop y Acrobat)

  Esto cambia el espacio de color del documento e intenta cambiar cualquier valor de color existente en el documento para conservar la apariencia de los colores. Sin embargo, esto aún puede cambiar la apariencia de los colores que se muestran en su monitor.

Espacio de mezcla de transparencia

Edit → Transparency Blend Space

En su documento de InDesign, asegúrese de que su espacio de mezcla de Transparencia esté configurado en el mismo modelo de color que su documento o perfil de salida previsto. Puede elegir entre Documento RGB o Documento CMYK .

Perfil de color PDF

Suponiendo que tiene la configuración de perfiles de color correcta en su documento en cualquier archivo vinculado/colocado, cuando exporte su PDF, asegúrese de seleccionar Sin conversión de colorOutput → Color Conversion → No Color Conversion en el cuadro de diálogo de exportación ( ). Si necesita convertir a otro perfil de color, la mejor opción es cambiar el perfil de color en sus documentos, pero, siempre que los perfiles de color coincidan de antemano, no debería tener ningún problema.

Nota: Esto supone que está utilizando productos de Adobe en todo su flujo de trabajo y está utilizando 'Exportar...' de InDesign para exportar su PDF. Todo esto también se usa con CS6: el proceso puede diferir de lo contrario, pero el concepto es el mismo.