Tengo una pregunta sobre un término específico que describe la variante de los genes existentes. Estoy analizando la secuenciación del genoma completo de un aislado bacteriano. Descubrí que hay una gran cantidad de genes que tienen identidad de secuencia parcial o cobertura de tema/consulta con los genes de referencia conocidos.
Ahora sé que observar la identidad y la cobertura de la secuencia puede no ser suficiente para analizar los genes. Sé que algunos genes pueden tener una identidad de secuencia del 30 % y seguir plegados de la misma manera que los genes originales. Sin embargo, digamos que estos genes son realmente una variante de los genes existentes basados en la identidad de secuencia. ¿Cuál es el término para llamarlos?
Mi IP me dijo que son genes que evolucionan rápidamente. Busqué en algunos artículos y encontré que los genes que evolucionan rápidamente son genes que están sujetos a selección positiva. Si bien estoy de acuerdo en que algunos de estos son genes que evolucionan rápidamente, ya que probablemente estén sujetos a una selección positiva, no puedo ver que todos los genes realmente se sometan a selección al mismo tiempo. Me pregunto si hay otro término para llamar a estas variantes genéticas. Si hay algún papel para definirlos, sería genial.
Gracias
alelo
Un alelo es una forma variante de un gen dado
No estoy de acuerdo con esta definición en el sentido de que no es lo suficientemente general. Un alelo es una variante en cualquier locus (locus = posición en el genoma). Puede hablar de alelo en secuencias no codificantes. Además, si está hablando de una secuencia de codificación, puede definir diferentes secuencias como pertenecientes a diferentes alelos, ya sea que sus productos proteicos difieran o no en función. Las proteínas podrían incluso ser exactamente las mismas para dos alelos diferentes si la única diferencia entre estos alelos se refiere a una mutación sinónima (o una mutación en un intrón).
Puede sentirse libre de definir secuencias diferentes como alelos diferentes mediante cualquier tipo de medida de umbral arbitraria. Solo tendrás que definirlo. Por ejemplo, puede definir que diferentes secuencias son alelos diferentes solo si tienen al menos un 5% de diferencias por pares o si descubrió mediante algún cálculo biofísico que deberían plegarse de manera diferente o por cualquier otra medida arbitraria.
El término alelo se usa con mucha frecuencia en biología evolutiva y encontrará su uso en cualquier curso de introducción a la biología evolutiva.
Genes que evolucionan rápidamente
Hasta donde yo sé, no existe una definición comúnmente acordada de lo que es un gen que evoluciona rápidamente. Para mí, un gen que evoluciona rápidamente es simplemente una secuencia codificante que evolucionó más rápidamente que otras secuencias de referencia. Per se, aunque muy probablemente implicaría una selección positiva, no creo que sea un requisito según la definición de genes que evolucionan rápidamente. Podría, por ejemplo, ser causado por una tasa de mutación muy alta en esta secuencia particular o por una selección equilibrada que hace que cualquier alelo raro nuevo sea beneficioso.
norman kuo