¿Existe un límite inferior práctico para la longitud del gen en E. coli?

La pregunta se explica por sí misma.

Dejando a un lado otros factores post-transcripcionales como la tasa de degradación de la transcripción, ¿cuál es el gen más pequeño jamás informado que se haya transcrito con éxito en E. coli u otros sistemas procarióticos similares? ¿Por qué este gen no podría ser más pequeño?

Tenga en cuenta que en el contexto de esta pregunta, estoy ignorando factores como promotores, operadores y terminadores. También tenga en cuenta que este gen no necesariamente necesita codificar una proteína.

Un ejemplo de transcripciones cortas en bacterias serían los ribointerruptores transcripcionales cuando están en estado "apagado".

Respuestas (2)

En términos de "genes" que ocurren naturalmente, creo que el récord probablemente lo ostenten los péptidos atenuadores .

En las bacterias, el mecanismo regulador conocido como atenuación de la transcripción implica la biosíntesis ribosomal de péptidos muy cortos. En el operón trp , donde el fenómeno fue descrito por primera vez por el grupo de Yanofsky , el péptido, MKAIFVLKGWWRTS, consta de solo 14 aminoácidos. Otros ejemplos, descritos posteriormente, son de tamaño comparable.

Ahora que he escrito esta respuesta, he vuelto a leer tu pregunta y veo que estás realmente interesado en las transcripciones. En el caso de los atenuadores, los péptidos están codificados por el extremo 5' de una transcripción mucho más grande, por lo que probablemente no cuenten para usted.

Las transcripciones no codificantes pueden ser tan pequeñas como 10-15 nucleótidos. Una vez que se inicia la ARN polimerasa, el ADN se funde y se forma la burbuja de transcripción. Esta región tiene una longitud de unos 10 nucleótidos.

Pero si está preguntando el límite de la longitud del ARNm, entonces la respuesta es diferente. En primer lugar, para obtener una proteína, los ribosomas deben traducir la transcripción. Para hacer eso, necesitan algo de espacio para aterrizar e iniciar el proceso de traducción. Sabemos que los ribosomas protegen alrededor de ~30 nucleótidos de los experimentos de huellas de ribosomas

Además, las bacterias no necesitarían utilizar el espacio genómico y la maquinaria de los ribosomas para producir péptidos pequeños (incluso si los péptidos fueran útiles), ya que los péptidos pequeños ya existen como producto de degradación de otras proteínas. Por lo tanto, una vez que agrega 3 veces la longitud de poliaminoácido producido más corta a la longitud mínima requerida para el aterrizaje en el ribosoma, obtiene un límite algo físico (o digamos fisiológico) de la longitud de la transcripción.