¿Está bien alterar el logotipo original sobre un fondo oscuro o no es una buena práctica para la marca?

No es raro que las empresas tengan un logotipo invertido/invertido separado para usar en fondos oscuros. No va en contra de las mejores prácticas para que la marca lo haga. Como señala dezinezync, cualquier pauta de marca decente debe especificar cómo manejarlo.

El logotipo de Rocky Mountain College ejemplifica este tipo de práctica:

^{Haga clic en la imagen para una resolución completa. Fuente: rocky.edu}

En particular, las formas sobre el libro han cambiado significativamente. El borde del escudo también es diferente.

Si se trata de un logotipo que está desarrollando, está perfectamente bien dejar el logotipo sin modificar para usarlo en un fondo oscuro. El ejemplo que publicaste no se consideraría "incorrecto". Sin embargo, otra alternativa para ese logo sería invertir los colores del icono así:

Sin embargo, como dijo DA01 en un comentario, si no es su logotipo, siempre debe consultar con el cliente para verificar cómo manejarlo.

La mayoría de los activos de marca vienen con pautas. Por lo general, alistan lo que se debe y lo que no se debe hacer. Recomiendo seguirlos estrictamente.

Aquí hay un ejemplo de las pautas de Twitter. https://about.twitter.com/press/brand-assets

Si la empresa en cuestión no proporciona dichas pautas, recomendaría enviarles un correo electrónico, junto con la imagen de arriba y preguntarles si está bien. Obtenga eso por escrito para que no tenga que lidiar con ningún problema del departamento legal en el futuro.

Editar: Además, dado que está tratando de usarlo en un fondo oscuro, un activo monocromático sería lo mejor. Invertir el verde no se vería muy bien.

Edición 2: para un activo de dos colores/multicolor, el mejor ejemplo en mi cabeza fue el logotipo de Spotify. Puede encontrar varios activos aquí http://press.spotify.com/us/2013/01/22/logotype/

Como puede ver, la empresa proporciona activos separados para fondos claros y oscuros y varios tipos de medios. Si la empresa en cuestión no proporciona dichos activos, diría que te queda la opción de correo electrónico.