¿Es la visión un sentido vestigial para las especies de aguas profundas?

No puedo responder a la tercera, pero puedo responder a las dos primeras. Con una palabra, de hecho:

Bioluminiscencia

http://brightnepenthe.blogspot.com/2010/08/palate-cleanser-90.html

Ese es el océano profundo en la noche para ti. A diferencia de los ambientes subterráneos y las cuevas, no es completamente negro en casi ningún lugar del océano. Hay cosas para ver en todas partes, y juegan un papel importante en las relaciones depredador/presa y/o el apareamiento. La ausencia de luz natural hace que las cosas sean más difíciles de ver, pero es por eso que ves los ojos enormes en las especies que viven muy abajo. Entonces, ¡no! Los ojos de las criaturas del océano profundo no son vestigiales. Son muy funcionales (y, en todo caso, probablemente tengan mayor sensibilidad).

Los conceptos básicos se resumen aquí: http://www.lifesci.ucsb.edu/~biolum/functions.html

La respuesta proporcionada por @MCM contiene una parte importante de la información (¡bioluminiscencia!) pero no responde la pregunta por completo. Primero, corrijamos un malentendido en la pregunta.

La luz del sol penetra más allá de los 200 m en el océano. La intensidad no es suficiente para que ocurra la fotosíntesis (y, por lo tanto, no hay fitoplancton por debajo de los 200 m), pero las profundidades entre 200 y 1000 m pueden recibir suficiente luz solar para la visión.

La región entre 200 y 1000 m se denomina mesopelágica. Debido a que hay suficiente luz para la visión, muchas especies mesopelágicas tienen ojos para ver. Debido a que la luz es extremadamente tenue (los humanos no podrían ver), las especies mesopelágicas tienden a tener ojos muy grandes para captar la mayor cantidad de luz posible. La visión es muy importante para las especies mesopelágicas.

Por debajo de los 1000 m, llegamos al batipelágico (y, siguiendo más profundo, al abisopelágico y al hadopelágico). Aquí, la penetración de la luz es insuficiente para la visión. Por debajo de los 1000 m hay oscuridad total. En los batipelágicos (y más profundos), se tiende a ver una reducción del tamaño de los ojos y, a veces, una pérdida completa de los ojos. La bioluminiscencia todavía está presente (aunque mucho más común en los peces mesopelágicos) pero mucho menos importante. El costo fisiológico de producir y mantener los ojos es energéticamente alto, por lo que la mayoría de las especies que viven por debajo de los 1000 m tienen ojos muy débiles, si es que los tienen.

Debido a que los ojos de las especies batipelágicas (y más profundas) aún cumplen su función original, diría que los ojos de los organismos de aguas profundas no son vestigiales , en el sentido de haber perdido por completo su función original o cumplir una nueva función.