¿Pueden las interacciones gen-gen dar como resultado la expresión génica?

Estoy construyendo un proyecto sobre la inferencia de redes reguladoras de genes usando algoritmos ARACNE y PCA-CMI, y la entrada a estos algoritmos se toma del desafío DREAM3.

El formato de los datos de entrada se muestra en la imagen.

Ahora, según lo que estudié, una matriz de expresión génica tiene filas que representan genes, columnas que representan muestras como tejidos o condiciones experimentales y los números en cada celda se refieren al nivel de expresión de un gen en particular en la muestra en particular.

Y que la Expresión Génica es el proceso en el que se sintetiza la información de un gen para obtener Productos Génicos. El proceso de expresión génica es que se somete a un proceso de transcripción en el que un factor de transcripción se adhiere al gen y luego da como resultado la formación del producto génico.

Pero los datos de entrada aparentemente muestran interacciones gen-gen.

Como resultado de esto, estoy extremadamente confundido.

Formato de datos de entrada de DREAM3Cualquier tipo de ayuda sería muy apreciada. Gracias.

Respuestas (2)

No sé nada acerca de sus algoritmos. Pero intentaré explicarle el formato de los datos que se le proporcionó. No conozco su experiencia en biología, por lo que asumiré que no es su campo de especialización y simplificaré el tema.

¿Qué es la expresión génica?
Para comprender qué es una expresión génica, debe comprender qué es un gen:

Un gen es una secuencia en el ADN (compuesta por 4 bases A,T,C y G) que puede ser transcrita por una proteína, en su contexto diremos que siempre comienza con un codón de inicio (un codón es un triplete de ADN bases) y terminar con un codón de parada. Por lo general, tiene alrededor de mil bases de largo. La transcripción le dará un ARN, y ese ARN se puede traducir (observe la diferencia con transcrito) en una proteína completamente nueva.

Ahora, la expresión génica es una medida de la cantidad de ARN del gen que está buscando. En una célula puedes tener alrededor de 10000-100000 copias de ese ARN; el recuento sin procesar no es realmente estable, ya que puede extraer dos o tres celdas y cambiará su "expresión". La mayoría de las veces normalizamos el conteo por el conteo de un grupo de genes conocidos llamados genes de limpieza. La particularidad de estos genes es que su expresión es bastante estable.

Las cifras que tiene son una relación entre las copias de ARN de su gen de interés y las copias de ARN de un gen estable (en términos de expresión).

¿Qué significan G1(-/-) y wt?

Usualmente cuando nosotros (biólogos) llamamos a una muestra wtsignifica wild type, en otras palabras, un individuo normal. G1(-/-) significa que esta muestra es de un individuo con el gen G1 inactivo (podría obtenerse por modificación genética).

¿Qué es una interacción gen-gen?
Un ejemplo de interacción primero: imaginemos un gen que codifica un potenciador (booster) de la transcripción. la presencia de este gen permite que otro gen se exprese en la célula, si este gen no está presente o no se transcribe, el otro gen tampoco se expresará.

¿Cómo podemos ver la interacción allí?

Miremos la línea uno, el control (individuo normal), Vemos que G4 (columna) está casi sin expresar (0.07). En condiciones normales, este gen no se expresa. Ahora echemos un vistazo al mutante G1 (-/-) y G6 (-/-), vemos que la expresión de G4 aumenta (0.37; 0.23) en comparación con el control (wt). Podemos suponer que G1 y G6 actúan como inhibidores del gen G4.

La respuesta corta es sí, por supuesto que existen interacciones gen-gen. No estoy seguro de cuál sería el punto del experimento si no lo hubiera.

¿Pueden las interacciones gen-gen dar como resultado la expresión génica?
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