Durante la amplificación del puente, cuando las secuencias unidas a los adaptadores en la superficie forman "puentes" y se replican, parece que se crearán secuencias con cualquiera de los extremos unidos a la superficie. Por ejemplo, en este enlace de la figura 7, hay secuencias que miran en ambos sentidos en la placa. En el paso 8, todas las secuencias están orientadas en la misma dirección (extremo rosa pegado a la superficie) ¿Cómo ocurre esto? ¿Cómo se eliminan las otras secuencias?
Consulte este documento sobre cómo funciona la secuenciación de Illumina.
Cuando realiza una secuenciación de un solo extremo, las hebras inversas producidas después de la amplificación del puente + desnaturalización ( paso 7 ) se eliminan específicamente (se recortan en la unión del cebador y la región de "inserción"). Además, los extremos 3' libres están bloqueados (por modificación química) para garantizar que no se produzca un cebado no deseado.
Para la secuenciación de extremos emparejados, se secuencian ambas cadenas; por lo tanto, en una celda de flujo, la hebra delantera se escinde, mientras que en la otra se escinde la hebra inversa.
Es de suponer que eliminaron un conjunto de fragmentos de sus figuras para mayor claridad de la demostración. En realidad, ambos fragmentos quedan inmovilizados en el chip. El cebador de secuenciación solo se hibrida con un adaptador, lo que permite la extensión selectiva de uno de los conjuntos en cada ejecución. Para fragmentos de longitud suficiente, esto proporciona un mecanismo fácil para crear lecturas de secuencias finales emparejadas, ya que puede usar un cebador para leer una hebra y, posteriormente, otro cebador para leer la otra hebra.