Quiero determinar si hay una transferencia horizontal de genes entre dos genomas, en particular, iba a usar los métodos paramétricos descritos en wikipedia, ya que lo más probable es que tenga dificultades para comprender completamente los métodos filogenéticos.
Los dos genomas en mente serían Lactococcus lactis y Lactobacillus helveticus , ya que se utilizan en el proceso de elaboración del queso y, por lo tanto, estarían en una proximidad/ambiente lo suficientemente cercano como para argumentar eventos tentativos de HGT. (Corríjame si estoy muy equivocado aquí en mi línea de pensamiento...)
¿Podría simplemente acceder a genomas representativos para cada uno de NCBI y calcular/determinar las diversas firmas genómicas que son indicativas de HGT a través de los métodos paramétricos mencionados anteriormente (composición de nucleótidos, espectro de oligonucleótidos, características estructurales, etc.)?
¿O sería necesario procesar y secuenciar los genomas de una fuente confirmada donde ambos estén ubicados/habituados para argumentar adecuadamente a favor de la HGT? (¿En cuyo caso creo que el NCBI no tiene estos datos fácilmente disponibles?)
Dado que el modelo paramétrico se aplica a un solo genoma para ver si hay evidencia de HGT reciente a través de un cambio en el contenido promedio en las regiones de codificación, no le dirá de dónde vino la HGT, solo que probablemente ocurrió una HGT en un área del genoma. Dado que está tratando de ver específicamente si hubo una HGT entre L. lactis y L. helveticus , tendría que realizar un análisis paramétrico en ambos, encontrar un candidato HGT en uno de los genomas y luego encontrar esa secuencia como no HGT. candidato en el otro genoma ya través de BLAST .
Estos documentos brindan un buen argumento de por qué usar firmas genómicas en lugar del contenido de GC como método paramétrico para detectar HGT.
Revisión de donde provienen la mayoría de las figuras de Wiki