En biología molecular y genética, un factor de transcripción es una proteína que se une a secuencias específicas de ADN, controlando así el flujo (o transcripción) de información genética desde el ADN hasta el ARN mensajero.
Mi pregunta es simplemente cuántos factores de transcripción hay en los genomas de:
Como la cantidad de TF humanos se ha discutido en las respuestas anteriores, me limitaré a Anopheles gambiae .
En el mismo número de Science en el que Holt et al. publicaron una secuencia del genoma de Anopheles gambiae ( 1 ), Zdobnov et al. publicaron una comparación de los genomas de A. gambiae y Drosophila melanogaster .( 2 ) Si bien las dos especies divergieron hace unos 250 millones de años, y el genoma de D. melanogaster es aproximadamente el doble del tamaño del genoma de A. gambiae , las dos especies aún muestran amplias similitudes y un número similar de proteínas.
Los autores identificaron 6089 pares de proteínas como "ortólogos claros", que corresponden al 47% y 44% de las proteínas Anophelesand y Drosophila respectivamente. Por lo tanto, uno podría verse tentado a estimar el número de TF en A. gambiae como similar al de D. melanogaster . Para este último, la base de datos FlyTF ( http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/genomes/FlyTF/old_index.html ) actualmente enumera 753 TF putativos específicos del sitio y 454 candidatos "bien respaldados". Más recientemente, Hammonds et al. identificó 708 genes de melanogaster "que probablemente codifiquen TF de unión a ADN específicos de secuencia".( 3 )
Editar: también puede consultar la siguiente pregunta sobre Biostars: http://www.biostars.org/p/53590/
Pregunta bastante interesante. Hay algunos números, recuerdo que alrededor del 10% de los genes humanos codifican factores de transcripción (desafortunadamente, no recuerdo la fuente de eso).
Este documento de 2002 estima entre 2000 y 3000 factores:
Este documento de 2009 establece una cantidad de 1391 factores seleccionados manualmente y también especula sobre una cantidad de 2000 a 3000 factores en total. Esto es definitivamente interesante de leer.
Amos Bairoch, de SWISSProt/UniProt, ha creado la base de datos nextprot , un repositorio de conocimiento curado manualmente para proteínas humanas. Si bien eso no lo ayudará a obtener un número para el mosquito, facilita la recuperación de una lista de proteínas humanas que se anotan como factores de transcripción.
La búsqueda de "Factor de transcripción" en la pestaña "Función" devuelve 1405 resultados. Notarás que la mayoría de las respuestas están en el mismo estadio a pesar de las pequeñas diferencias, pero ten en cuenta que muchas de estas son TF supuestas y pasará un tiempo antes de que todas se confirmen experimentalmente para actuar como tales en vivo .