¿Cuánto tiempo necesitan los diferentes mecanismos de regulación génica para surtir efecto?

Estoy pensando en los principales mecanismos reguladores, como factores de transcripción generales , activadores , represores y ARN de interferencia .

Si se activaran los genes reguladores no activos que usan cada uno de los diferentes mecanismos, ¿cuál sería el retraso (en promedio) entre la activación de cada uno de esos genes y su efecto regulador aguas abajo?

No tengo una respuesta para usted, pero la gente a menudo dice de manera imprecisa que ese tipo de regulación tiene lugar en el orden de muchos minutos u horas, y eso puede ser tan preciso como sea posible dada la cinética variable de cualquier vía determinada. Sin embargo, diré esto: la cinética de la caída en RNAi podría depender en gran medida de la tasa de degradación de la proteína (que es MUY variable). Incluso si quitas el ARNm, la proteína sigue ahí hasta que se degrada. Si normalmente se degrada rápidamente, la cinética de degradación del ARNm será limitante. Si es lento, entonces tienes que esperar por la proteína.
Además, todos los genes en eucariotas requieren factores de transcripción generales, pero básicamente todos ellos también requieren activadores que actúen primero para reclutar los GTF y los componentes modificadores de histonas (que permiten que los GTF y su amiga la ARN polimerasa accedan a los genes). Entonces, en realidad están aguas abajo de los activadores y su reclutamiento es parte de lo que contribuye a la cinética.

Respuestas (1)

La gente a menudo dice de manera imprecisa que el tipo de regulación se lleva a cabo en el orden de muchos minutos u horas, y eso puede ser tan preciso como sea posible dada la cinética variable de cualquier vía determinada.

Además, todos los genes en eucariotas requieren factores de transcripción generales, pero básicamente todos ellos también requieren activadores que actúen primero para reclutar los GTF y los componentes modificadores de histonas (que permiten que los GTF y su amiga la ARN polimerasa accedan a los genes). Por lo tanto, generalmente están aguas abajo de los activadores y su reclutamiento es parte de lo que contribuye a la cinética en euakryotes.

Para RNAi, la cinética de caída en RNAi podría depender en gran medida de la tasa de degradación de la proteína (que es MUY variable). Incluso si quitas el ARNm, la proteína sigue ahí hasta que se degrada. Si normalmente se degrada rápidamente, la cinética de degradación del ARNm será limitante. Si es lento, debe esperar a que la proteína se degrade por sus mecanismos naturales ( https://en.wikipedia.org/wiki/Proteasome ).

Sigma dice que los efectos del ARNi se pueden ver en alrededor de 24 horas

http://www.sigmaaldrich.com/life-science/funcional-genomics-and-rnai/sirna/learning-center/mission-sup-reg0/experimental-design0.html#s3

Thermo implica algo similar al decir que los efectos del ARNi se pueden ver durante 5 a 7 días después de la transfección (es decir, implican que se pueden ver después de un día).

https://www.thermofisher.com/ca/en/home/references/ambion-tech-support/rnai-sirna/tech-notes/duración-del-silenciamiento-inducido-por-sirna.html