Comparación de series temporales de expresión génica in vitro e in vivo

Tengo que analizar dos conjuntos de datos que consisten en mediciones de series temporales de expresión génica. Un conjunto son datos in vivo de los perfiles de expresión obtenidos entre unos pocos días antes del nacimiento y varios días después del parto. El segundo conjunto de datos se obtuvo en una línea celular C2C12, donde t = 0 se definió como el día en que se alcanzó el 100% de confluencia.

¿Existe una forma óptima de alinear las dos series temporales? Simplemente alinear las dos series usando las dos muestras t= 0 como punto de partida parece arbitrario.

¡Bienvenidos a Biología! Intenté aclarar la pregunta. Siéntase libre de retroceder si ya no refleja su pregunta.
Comenzaría preguntándome: ¿tiene sentido que las dos series estén alineadas? En otras palabras, ¿tiene alguna evidencia de que los eventos en el experimento in vitro puedan corresponder a eventos in vivo? Sería útil si describiera su experimento con un poco más de detalle (si es posible, esta puede ser información confidencial). Qué especie, qué tejido, qué condiciones experimentales, cuál es su pregunta científica.
Hola, sí, es información confidencial... sin embargo, gracias por la respuesta, intentaré averiguar si hay un mejor cambio que maximice globalmente la correlación entre pares. Si no todo se remonta a la regulación arriba/abajo...
Esta es una línea celular mesenquimatosa que se diferencia in vitro después de alcanzar la confluencia (y la privación de suero). Es probable que haya células similares en los animales, pero podrían ser un pequeño porcentaje del número total de células. Durante la diferenciación in vitro, es de esperar que algunos genes disminuyan y otros aumenten con el tiempo. En los animales, esa señal probablemente estaría inundada por genes específicos de tejido de las docenas de tejidos y cientos de tipos de células.

Respuestas (1)

La comparación directa del curso sería difícil entre tejidos y células cultivadas. En lugar de la escala de tiempo, es posible que desee utilizar marcadores. Por ejemplo, Kislinger et al. muestran que el pico de expresión de SIX1 es 2 días después de la diferenciación; SMAD3, 4 días. No soy una persona adecuada que pueda decir qué marcadores son buenos, pero creo que podría encontrar más información mediante una búsqueda bibliográfica.

http://www.mcponline.org/content/4/7/887.full

Comparación de series temporales de expresión génica in vitro e in vivo
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