Perturbación génica, ¿para qué sirve, explica a los informáticos? [cerrado]

Estoy tratando de construir una red de regulación de genes y necesito algunos conocimientos básicos al respecto.

Entonces, en la investigación genética, perturbamos genes. ¿Como derribarlos?

¿Puede la gente decir 2 o 3 métodos experimentales para perturbar genes? ¿Y 3 o más observaciones (fenotipos) después de la perturbación?

Si pudiera explicarse en el contexto de Microarray, será bien apreciado.

La pregunta no está tan organizada, si puedes contar una historia completa antes de que comenzara el trabajo computacional, te lo agradeceré mucho.

Me temo que esto es realmente un poco demasiado amplio. La perturbación puede significar muchas cosas, desde cambiar el nivel de expresión, activar o desactivar genes, hasta alterar la proteína producida. Los fenotipos dependerán tanto de la perturbación particular aplicada como del gen específico perturbado.
@terdon Gracias por sus comentarios, lo que pregunto es cómo perturbar los genes. ¿Cómo hacer experimentos para perturbar genes? y ¿cuáles son los posibles fenotipos/resultados después de la perturbación?
No estoy seguro de cómo puede explicarlo por microarreglo, ya que un microarreglo solo da una lectura a nivel de transcripción, y las purificaciones genéticas se pueden aplicar aguas abajo a nivel de proteína (por ejemplo, expresando una proteína mutante). Además, los estudios de perturbaciones in vitro son bastante diversos, como ya se mencionó. Sugeriría leer literatura para los tipos de preguntas que desea responder y ver cómo se abordaron experimentalmente para enfocar mejor su pregunta.
Esta pregunta no se ajusta muy bien al formato SE. Si bien hay varias ideas que podrían ser buenas preguntas por sí solas ("¿cómo se pueden perturbar los genes?", "¿qué fenotipos resultan de la perturbación de genes?", "¿cómo se usa la perturbación de genes para microarrays?"), parece que esta pregunta quiere que alguien escriba un informe adaptado a las necesidades de investigación de esta persona (¿cuántos futuros visitantes se beneficiarán de esa respuesta?).
@GeekCat, actualmente su pregunta es demasiado amplia y en realidad incluye varias subpreguntas. Es más probable que obtenga una buena respuesta si la divide en preguntas distintas y separadas. Para empezar, le recomendaría que preguntara "¿Qué significa la perturbación de genes en el contexto de las redes reguladoras de genes y cómo se logra en la práctica?" ya que esto le ayudará a entender qué más necesita preguntar.

Respuestas (2)

Aquí hay 3:

1) gen knockout. Simplemente elimine el gen del genoma. La función se ha ido - útil para demostrar una participación directa del gen en el fenotipo. Como fenotipo, la micromatriz registrará todo tipo de reacciones a la pérdida del gen además de la desaparición del ARN en cuestión.

2) usar la selección para encontrar mutantes para el gen. Exponer el organismo a un mutágeno o altas cantidades de radiación UV. Los mutantes útiles varían según la función de los genes. Sensibilidad a la temperatura: el gen no funciona por encima de los 30 grados C es un ejemplo de un fenotipo para un mutante que se ha utilizado clásicamente. En este caso el funcionamiento del propio gen es un fenotipo. Este es un ejemplo de una perturbación más débil. Se puede usar cuando los golpes de gracia son fatales o cuando el sistema es demasiado sensible para un golpe de gracia.

3) cambiar las condiciones ambientales. aumentar la concentración de un sustrato o disminuir la disponibilidad de nutrientes. Los fenotipos pueden ser la tasa de crecimiento/división, la producción de un metabolito dado de las células, pero sigue y sigue.

El efecto sobre los datos de micromatrices del genoma completo puede ser bastante complejo en tales experimentos de perturbación porque el acoplamiento de muchos genes, incluso en bacterias, puede ser amplio y significativo.

Gracias, @shigeta, ¿podría darnos 3 posibles resultados fenotípicos?
bueno, la micromatriz en sí es a menudo el fenotipo en sí mismo: la producción de ARN. Es por eso que es tan popular como técnica. Los estudios de mutantes tienen un fenotipo medible, como las cantidades de una sustancia química que se produce en la célula o la tasa de crecimiento. Los fenotipos son un tema muy amplio: son esencialmente CUALQUIER observable en una célula o un organismo. esa es una lista muy grande si incluye observaciones por instrumentación. Es como pedirle a un matemático que enumere todas las propiedades de los números.

La perturbación es cuando introduce un gen o un producto génico o lo inhibe usando una variedad de enfoques para ver qué otros genes muestran cambios en la expresión u otras modificaciones epigenéticas, que se pueden medir usando una micromatriz.

Si los genes A,B,C,D,E se expresan más debido a la actividad del gen X mientras que los genes F,G,H no se ven afectados, al comparar datos de micromatrices de muestras en las que X se ha desactivado con aquellas en las que no se ha desactivado. , verá una disminución de la expresión de A, B, C, D y E; puede representar esto como un gráfico con Gene X como centro.

Espero que esto ayude, Ankur.

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