¿Cuántos genes coexpresados ​​se esperarían en un tejido?

Estoy trabajando con micromatrices de expresión génica de tejidos tumorales y quiero usar un programa para encontrar los grupos de genes coexpresados ​​para saber si algunos genes en particular se coexpresan con otros genes y cuáles son esos genes.

Como debo hacer esto para muchos experimentos de microarreglos y he leído que hay muchos genes que tienen una expresión constante en un tejido, clasifiqué el gen por su variabilidad (coeficiente de variación) que tenían en los experimentos y me quedé con el primero. 3000 genes para buscar su co-expresión. Luego empleé un programa (un paquete de bioconductores) para encontrar la coexpresión.

Ahora, esperaba encontrar varios grupos de genes (sin razón particular para esto) en el experimento que estaba usando como ejemplo, pero en lugar de eso, solo encuentro un grupo de genes co-expresados ​​de alrededor de cien, y el otros genes no se coexpresaron.

Mi pregunta es: este resultado puede tener un sentido biologico, o estoy cometiendo un terrible error en algun lugar?, gracias de antemano.

¿Agrupaste los genes en base a qué?
Realmente no es posible interpretar su análisis cuando no sabemos cuáles son los datos. ¿Cuántas muestras (arreglo de hibridaciones) hay? ¿Cuáles son las condiciones, espera una buena diversidad de perfiles de expresión? ¿Hay alguna indicación de que los datos sean de buena calidad, como réplicas concordantes? Muchos conjuntos de datos disponibles públicamente son pequeños o de mala calidad y no se pueden utilizar para el análisis de conglomerados.
Además, es posible que desee consultar el laboratorio de Olga Troyanskaya en Princeton, reducio.princeton.edu/cm/ogt . Han trabajado en problemas de coexpresión a gran escala durante algún tiempo y proporcionan bibliotecas de software que resuelven muchos de los problemas básicos.

Respuestas (2)

  • Consulte la hermosa publicación de Daniel Ramsköld et al. 2009 , que contiene los números de coexpresión generalmente anticipada.
  • El nivel específico de coexpresión, que se aplica a su escenario, dependerá de su tejido, sus umbrales y su definición de coexpresión.
  • Si busca un cambio conjunto de algunos genes en diferentes muestras (en lugar de una expresión conjunta), la cantidad de genes que deberían cambiar dependerá de la biología subyacente (y, por lo tanto, evitará una respuesta general sin considerar los detalles de su muestra) .

Hay ciertos grupos de genes muy bien definidos que cabría esperar que se coexpresen, por ejemplo, proteínas ribosómicas, subunidades de proteosomas, componentes de empalmesomas, subunidades de VHATPasa; y cada uno de estos grupos se co-expresa en diferentes circunstancias. Por lo tanto, me parece que sus diferentes tejidos tumorales (si esa es la situación) están en condiciones similares, por lo que no puede diferenciar estos grupos, o que hay algún problema con su análisis.

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