¿Cómo se pueden modelar los paseos cuánticos en la fotosíntesis?

He estado trabajando en biología cuántica y encontré algo interesante para lo que me gustaría escribir una ecuación.

Los científicos se han preguntado cómo las plantas tienen una eficiencia tan alta en la fotosíntesis; siempre pensaron que la energía de los fotones (necesaria para la fotosíntesis) llega al "centro de reacción" saltando de celda en celda, pero esto no predice la alta eficiencia. Luego, los científicos se dieron cuenta de que tal vez la energía de los fotones entra en superposición para probar todos los caminos posibles (que serían los estados) y cuando se encuentra el camino más corto, las funciones de onda de los fotones colapsan en los estados que se correlacionan con el camino más corto al " centro de reacción". Según la revista Discover:

Dentro de la clorofila, los llamados pigmentos de antena guían la energía desde las moléculas que recogen la luz hasta la proteína del centro de reacción cercano a lo largo de una selección de vías posibles... Para explicar el rendimiento casi perfecto de las plantas, razonaron los biofísicos, la energía debe existir en una superposición cuántica. estado, viajando a lo largo de todos los caminos moleculares al mismo tiempo... Una vez que se encuentra el camino más rápido, la idea a funciona, el sistema sale de la superposición y toma esta ruta, permitiendo que toda la energía tome el mejor camino cada vez.

Entonces, ¿cómo escribiría una ecuación para esto? Estaba pensando en integrales de ruta, pero no pude encontrar una manera de usarlo. Sé que por superposición cuántica

ψ ( X ) = a | S 1 + b | S 2 + C | S 3 +

y la probabilidad es

| ψ ( X ) | 2 d X = | a | 2 S 1 | S 1 + | b | 2 S 2 | S 2 .

No estoy seguro de cómo escribir una ecuación de colapso de función de onda. ¿Puedo combinar este conocimiento en una ecuación, o aún debo usar integrales de trayectoria?

Información adicional sobre el tema

¿Podría dar referencias para la afirmación que hace sobre los "científicos" que estudian la fotosíntesis? También, ψ ( X ) es una función de onda, pero en su RHS hay kets ; esta es una notación inconsistente, ya que una función de onda no es un ket .
@ACuriousMind, ¿qué pasa con este enlace (definen la función de onda para la superposición cuántica usando la notación ket): rpi.edu/dept/phys/ScIT/FutureTechnologies/quantum/…
Continuemos esta discusión en el chat . [ discusión eliminada, ver chat -DZ ]
La cita con "clorofila" - ¿dónde encontraste eso? Me gustaría leer el resto.
@Lanka fue de la revista Discover en la edición de octubre o noviembre... Los detalles reales de la transferencia de excitones son incorrectos, la transferencia no está dentro de la clorofila... de hecho, la clorofila es el pigmento, no el pigmento como parte de la clorofila...
@TAbraham. Está bien. Gracias por el consejo sobre la clorofila.

Respuestas (5)

En realidad, no creo que esta visión de la luz en una superposición cuántica sea algo nuevo: lo que describe la revista Discover (creo) es la imagen estándar de cómo se describiría un sistema de células, moléculas, cloroplastos, fluoróforos, lo que sea que interactúe con el campo electromagnético cuantificado.

Mi cuenta simplificada aquí ( respuesta a la pregunta de Physics SE "¿Cómo polariza el océano la luz? ") Aborda una pregunta muy similar. El campo electromagnético cuantificado siempre está en superposición antes de que ocurra la absorción y, cuando la luz llega a una planta, se convierte en una superposición de fotones libres y estados de materia excitados de muchos cloroplastos a la vez.

Para aprender más sobre este tipo de cosas, recomendaría

M. Scully y M. Zubairy, "Óptica cuántica"

Lea el primer capítulo y la tecnología matemática para lo que está tratando de describir se encuentra en los capítulos 4, 5 y 6.

La verdad es que los fotones no rebotan de una célula a otra como pelotas de ping pong. Así que esa teoría resulta ser incorrecta.


Más preguntas y ediciones:

Pero se trata de la energía del fotón... ¿Seguiría siendo lo que dices para eso? Además, me gustaría ver algo de matemáticas...

La energía es simplemente una propiedad de los fotones (o lo que sea que los transporte): tiene que haber un portador para que ocurra cualquier interacción. Todas las interacciones que vemos son finalmente descritas por esto. Consulte la ecuación (1) y (2) aquí , esto es para el proceso inverso (emisión), pero finalmente escribirá ecuaciones como esta. Para controlar esto rápidamente, consulte este artículo de Wikipedia (Cuantización del campo electromagnético) y luego lea el Capítulo 1 de Scully y Zubairy.

En última instancia, tendrá que escribir un estado de Fock de un fotón y agregar a los estados de átomos excitados por superposición. La forma más ordenada de hacer esto es con operadores de creación que actúan sobre el estado fundamental cuántico único y universal. | 0 : definimos a L ( k , ω ) , a R ( k ω ) ser los operadores de creación para los osciladores armónicos cuánticos correspondientes a las ondas planas izquierda y derecha con número de onda k y frecuencia ω . Luego, un estado de un fotón en el oscilador correspondiente a la solución clásica de la ecuación de Maxwell con amplitudes complejas A L ( k , ω ) , A R ( k , ω ) en los modos clásicos para zurdos y diestros es:

| ψ = d 3 k d ω ( A L ( k , ω ) a L ( k , ω ) + A R ( k , ω ) a R ( k ω ) ) | 0

Para definir una absorción, Scully y Zubairy muestran que la amplitud de probabilidad para una absorción en el tiempo t y posición r es proporcional a:

0 | mi ^ + ( r , t ) | ψ

dónde mi ^ es el campo eléctrico observable y mi ^ + su parte de frecuencia positiva (la parte con solo operadores de aniquilación y todos los operadores de creación desechados).

Alternativamente, en principio, puede modelar la absorción escribiendo el hamiltoniano, que se verá así:

d 3 k d ω ( a L ( k , ω ) a L ( k , ω ) + a R ( k ω ) a R ( k , ω ) ) + todos los cloroplastos  j d 3 k d ω σ j ( k j , L ( k , ω ) a L ( k , ω ) + k j , L ( k , ω a R ( k , ω ) ) + todos los cloroplastos  j d 3 k d ω ( k j , L ( k , ω ) a L ( k , ω ) + k j , L ( k , ω ) a R ( k , ω ) ) σ j

dónde σ j es el operador de creación de un cloroforo elevado en el sitio j y el k s medir la fuerza de acoplamiento.

Esto es algo complicado y requiere más que un simple tutorial para escribirlo.

¿Puedes explicar un poco más el hamiltoniano? ¿Qué significa cada integral?

El papel de la coherencia en el transporte biológico de electrones, por ejemplo, dentro de los cromóforos, es un problema abierto y activamente investigado en óptica cuántica/química cuántica. Los dos tratamientos teóricos clásicos que impulsaron el campo son los de Plenio & Huelga y Mohseni et al. . Desde entonces ha surgido una enorme literatura sobre el tema.

Un modelo genérico básico que contiene la física relevante es considerar una red cuántica de sitios, cada uno de los cuales puede tener una o ninguna excitación presente y, por lo tanto, es equivalente a una partícula de espín-1/2. La red podría estar gobernada por el siguiente hamiltoniano genérico:

H = i ϵ i σ i + σ i + i j V i j σ i + σ j ,
donde el operador σ i + crea una excitación en el sitio i (eso es, σ i ± = 1 / 2 ( σ i X ± i σ i y ) . Este hamiltoniano describe excitaciones con energías ϵ i que saltan por la red según los acoplamientos V i j . Si calcula la dinámica cuántica bajo este hamiltoniano, entonces puede (dependiendo de los parámetros, ver Caruso et al. ) encontrar el tipo de comportamiento de transporte deslocalizado al que se alude en su artículo de pop-sci. Sin embargo, esto ni siquiera está cerca de tocar los principales temas actuales relevantes para la biología cuántica.

En un entorno biológico, uno también tiene un entorno vibratorio fuertemente acoplado debido a las estructuras de agua y proteínas circundantes. Tradicionalmente, uno esperaría que las fluctuaciones ambientales destruyeran cualquier efecto cuántico coherente y que el transporte se produjera debido a transiciones incoherentes entre estados propios de energía. La característica interesante de muchos cromóforos naturales es que el entorno produce ruido altamente estructurado, que tiende a promover coherencias de larga duración (en comparación con las escalas de tiempo relevantes para el transporte electrónico).

Cómo modelar el entorno complicado para dar cuenta con éxito de los datos espectroscópicos es uno de los principales problemas abiertos. Véase, por ejemplo, Chin et al. para algunos esfuerzos teóricos recientes en esta dirección. Dado que apenas se dispone de datos experimentales in vivo , la relevancia biológica real de este fenómeno es discutible. Sin embargo, algunos han conjeturado que se ha seleccionado naturalmente para proporcionar una mejora del transporte que, por ejemplo, sería ventajoso en entornos con poca luz.

¿De dónde sacaste esa ecuación o cómo la derivaste?
@TAbraham Bueno, a veces, cuando se estudia un problema básico de física, uno simplemente escribe el hamiltoniano que produce el comportamiento que le gustaría estudiar. En este caso, el hamiltoniano contiene dos elementos importantes: la energía de enlace ϵ i asociado con la presencia de un excitón en cada sitio y el salto de excitones de los sitios i j a un paso V i j / . El álgebra de los operadores de Pauli asegura que los excitones sean bosones y que no haya doble ocupación en cada sitio (en las redes biológicas, a menudo hay como máximo un excitón presente).
@TAbraham Lo modela como una cadena de espín con un sitio N, por lo que la excitación puede saltar de un sitio a otro, lo que es similar a lo que sucede en el sistema biológico. Necesita algo de experiencia en QM para entenderlo. La mayoría de la gente aquí piensa que es obvio, por lo que si no lo entiende, es mejor que haga nuevas preguntas para aclararlo.
Hola, Mark. Siempre me pregunto cuando escucho sobre este tema si la gente se da cuenta de que la predicción "clásica" que proviene de la ecuación de difusión es totalmente falsa. El resultado habitual de que las cosas se mueven con una escala de desplazamiento cuadrático medio raíz con t solo se aplica a los sistemas donde la dinámica microscópica se puede promediar. En otras palabras, debe tener muchas colisiones microscópicas durante el proceso para que la ecuación de difusión sea una buena aproximación de la dinámica subyacente. Si vas a escalas de tiempo/longitud lo suficientemente pequeñas, el movimiento es mucho más rápido. ¿Alguna idea?
@DanielSank Bueno, tengo entendido que la ecuación de difusión está bien para predecir valores medios (cuadrados) siempre que la dinámica ambiental sea aproximadamente markoviana. No estoy seguro de si esto realmente significa que uno debe tener muchas colisiones, sino que el tiempo de memoria del entorno es mucho menor que el tiempo libre medio. Por supuesto, si no hay muchas colisiones dentro del período de tiempo dado, cada trayectoria individual mostrará grandes fluctuaciones alrededor del resultado de la ecuación de difusión. Entonces la ecuación de difusión. El resultado solo se aplica a los promedios de muchas trayectorias.
¡No estoy seguro si eso es lo que querías decir!
@MarkMitchison Ahora me estoy confundiendo porque no estoy seguro de cómo pensar en el fotón saltando en una red como una partícula que se difunde en contacto con un entorno. Me parece que no hay entorno en este caso (aunque, por supuesto, debe haber algún proceso que descoherente el proceso de salto).
@DanielSank Oh, bueno, aquí hay una excitación electrónica (un excitón) saltando sobre una red de cromóforos. Las fluctuaciones ambientales importantes provienen entonces de las vibraciones del andamiaje de proteínas.
@MarkMitchison Correcto. Entonces, la pregunta importante es si un proceso de salto en una red muy pequeña con ruido en las alturas de la barrera es realmente difusivo en el límite clásico. Creo que no, pero a menos que realmente haga el cálculo o encuentre una buena referencia, me callo por ahora :-) ¿Sabes?
@DanielSank No estoy seguro de que haya una respuesta simple aquí, tampoco estoy del todo seguro de lo que quiere decir con el límite clásico. Pero dependerá de qué tan rápido fluctúen las alturas de la barrera (por ejemplo, si es ruido blanco) y qué tan lejos, y exactamente qué quiere decir con el límite clásico. Tal vez podríamos discutir en el chat, estaré en Estados Unidos durante una semana más o menos a partir de mañana por la tarde, por lo que podría ser más fácil entonces.
@MarkMitchison seguro, hazme ping en el chat.

Esta no es una respuesta por la razón obvia de que esta pregunta no puede responderse fácilmente, por lo que es un área abierta de investigación. Sin embargo, lo que proporcionaré son enlaces sobre cómo se hace algo como esto.

La idea reside en la dinámica de los sistemas cuánticos abiertos , que son sistemas que interactúan constantemente con el entorno y, por lo tanto, tienden a enredarse . Estos estados entrelazados del sistema y el medio ambiente necesitarán ser descritos en un formalismo de matriz de densidad .

Estas cosas generalmente no se encuentran en los libros de texto cuánticos estándar. Uno que incluye una discusión sobre sistemas cuánticos abiertos es

Dado que los operadores unitarios preservan la pureza, es imposible crear un estado mixto a partir de un estado puro a través de la evolución unitaria. Esto significa que debe haber tipos adicionales de evolución cuántica, que pueden cambiar la pureza del estado.

Para describir este tipo de evolución no unitaria necesitamos un nuevo objeto matemático llamado superoperador,

S [ ] := j k j ρ k j

Esto se llama la representación de "suma de operadores" del superoperador o, más comúnmente, su representación de Kraus. Un superoperador transformará una matriz de densidad ρ en otra matriz de densidad, ρ = S [ ρ ] = j k j ρ k j = j pags j tu j ρ tu j que ahora describirá la evolución no unitaria debido a la introducción de la probabilidad clásica en la ecuación.

Volviendo a la discusión sobre el sistema cuántico abierto, lo que la gente suele hacer es intentar derivar una ecuación de evolución para el estado reducido del sistema. ρ solo:

ρ ˙ ( t ) = ρ ( t ) t = S [ ρ ( t ) ]

Se ha derivado una ecuación de este tipo que describe las interacciones entre el sistema y el entorno de Markovian, la llamada ecuación maestra de Markovian. Una forma simplificada llamada ecuación de Lindblad para un sistema N dimensional:

ρ ˙ = i [ H , ρ ] + norte , metro = 1 norte 2 1 h norte , metro ( L norte ρ L metro 1 2 ( ρ L metro L norte + L metro L norte ρ ) )

¿Cómo se relaciona todo esto con su pregunta? Bueno, según tengo entendido actualmente, los investigadores del Grupo AMOPP (Física atómica, molecular, óptica y de positrones) de la UCL se centran en la interacción cuántica de las biomoléculas fotosintéticas con la luz para producir la fotosíntesis, incluso a temperatura ambiente. Resulta que este tipo de sistemas se describen hasta cierto punto mediante tales sistemas cuánticos abiertos que interactúan con un entorno markoviano como se describe anteriormente. También había escuchado la afirmación de que en estos procesos cuánticos la eficiencia es tan alta como 95 % , así que pensé que sería divertido presentarles esta área de investigación.

También debo decir que de ninguna manera soy un experto en esto y es posible que no pueda responder ninguna pregunta que pueda tener, pero lo animo a que eche un vistazo a este enlace.

Sobre libros de texto sobre sistemas cuánticos abiertos, recomendaría Breuer & Petruccione y Gardiner & Zoller
¿Qué significan las variables y los símbolos en la ecuación de Lindblad que muestras?
@TAbraham Todo está definido en la página de wikipedia que he vinculado.

Hay aproximaciones a los sistemas cuánticos y también a la fotosíntesis desde el punto de vista de los sistemas de información cuánticos. El enfoque es básicamente ver la fotosíntesis como un proceso en el que los electrones involucrados en las reacciones de la fotosíntesis "muestrean" diferentes rutas de nivel de energía de la misma manera que lo hacen los algoritmos de computadora cuántica. Para comprender el proceso en tales saltos, la búsqueda se realiza como una búsqueda en una base de datos no clasificada. El salto de electrones, es algunos electrones de estado excitado a lo largo de algunos niveles de energía de estado discreto. Esta característica ondulatoria de la transferencia de energía dentro del complejo fotosintético puede explicar su extrema eficiencia, ya que permite que los complejos muestreen vastas áreas del espacio de fase para encontrar el camino más eficiente.

En las moléculas de clorofila, que están dispuestas de manera que las moléculas vecinas tienen diferentes niveles de energía. Cuando la luz brilla sobre una de estas moléculas, un electrón se excita momentáneamente antes de pasar su energía a una molécula cercana con un nivel de energía ligeramente inferior. De esta manera, la energía puede fluir "cuesta abajo" de un nivel de energía a otro hasta que alcance el "centro de reacción" crucial donde ocurre la fotosíntesis real.

Contraste esto con la idea de la caminata aleatoria para la energía que va cuesta abajo en una reacción de clorofila, la noción de caminata aleatoria no se ajusta al parámetro de cómo la energía llega al núcleo de la reacción para activar la reacción de fotosíntesis. El enfoque de información cuántica explica esto sin un paseo aleatorio ineficiente y utiliza un "salto aleatorio" cuántico. entonces el paralelo con una búsqueda de Grover es que la energía busca el camino que tiene que seguir para llegar. Las temperaturas a las que realmente se observan y se efectúan estos efectos de búsqueda todavía se discuten.

¿Puedes agregar matemáticas?
El movimiento ondulatorio no explica el transporte eficiente. La geometría compleja y el desorden energético estático inherente a las redes biológicas en realidad conducen a la localización. Su sistema en realidad opera en un régimen que equilibra finamente los efectos cuánticos y clásicos. Así que me temo que un enfoque computacional cuántico del tipo que mencionas no ayuda; realmente es un problema de física/química bastante complicado.
La geometría del sistema hace que la aproximación al sistema desde el punto de vista de la computación cuántica sea un poco difícil, pero seguramente la geometría debe desempeñar un papel en otros modelos que utilizan paseos aleatorios para explicar la reacción que llega al núcleo. Las redes de espín son un enfoque de las geometrías dentro del sistema, ya que la otra respuesta elaboró ​​donde usaron una ecuación markoviana (maestra) en la formulación.

Casi nunca es útil tratar de analizar estas cosas con fotones. La clorofila de una célula vegetal está inundada de luz, que se analiza adecuadamente como un campo eléctrico oscilante clásico. Todas las moléculas de clorofila en una célula están impulsadas por el mismo campo, por lo que todas están excitadas en la misma medida. No existe una restricción particular por la cual la cantidad de excitación deba restringirse a unidades de hf. Todo el conjunto de moléculas está simplemente en una superposición del estado fundamental y los estados excitados.

Una vez que se alcanza este estado, la transición a un estado metaestable donde la energía se almacena en una de las moléculas no depende de la absorción de un "fotón" en particular. La energía ya está presente en la célula. El mecanismo por el cual esto sucede probablemente no depende de ningún "colapso de la función de onda".

La clave para entender cómo sucede esto es darse cuenta de que las moléculas en una superposición de dos estados se comportan como antenas clásicas: dado que los dos estados tienen diferentes distribuciones de electrones y diferentes frecuencias, el resultado es una distribución de carga oscilante en la diferencia de frecuencia. Dependiendo de la geometría del conjunto, puede haber una transferencia de energía altamente eficiente entre estas antenas, lo que resulta en la concentración de energía en un solo lugar.

He publicado una explicación de cómo sucede esto a través de la evolución temporal normal de la función de onda en esta entrada de blog: http://marty-green.blogspot.ca/2014/12/wave-function-collapse-explained-by.html I Hemos analizado el caso de una placa fotográfica expuesta a una luz débil, pero los mismos principios deberían aplicarse a una célula vegetal expuesta a una luz intensa.

por favor agrega algo de matematicas...