¿Cómo saco conclusiones de la autorradiografía de un Southern blot?

Aquí hay otra pregunta tomada de "Concepts of Genetics", Klug et al (10ed), que gira en torno a una prueba de paternidad. Se llevaron a cabo una PCR y una transferencia Southern para determinar si 3 chimpancés (carriles 3, 4, 5 en la transferencia a continuación) eran descendientes "legítimos" de 2 padres potenciales (carriles 1 y 2).

La pregunta apunta a decir que los cebadores utilizados para unirse al ADN del chimpancé se originan en humanos y que "flanquean sitios altamente polimórficos en el ADN humano que resultan de un número variable de repeticiones de nucleótidos en tándem". Mi primera pregunta es ¿qué significa exactamente "flanquear" en este contexto? Me parece que el ADN humano "refleja" el ADN del chimpancé y, por lo tanto, lo hace lo suficientemente bueno como para usarlo como base, pero no estoy seguro.

Me encontré con algunos otros ejemplos que no están en el texto sobre cómo inferir si un padre potencial es realmente un padre en función de si el carril de la descendencia contiene bandas que se encuentran tanto en el carril materno como en el paterno, lo que me lleva a creer que puedo gobernar fuera el chimpancé en el carril 5.

Me dan cinco respuestas para elegir para decidir cuál de los descendientes, si los hay, son legítimos:

  1. Ninguno
  2. un solo
  3. solo A y B
  4. No hay suficientes datos; se deben examinar más sitios polimórficos
  5. No se puede sacar ninguna conclusión porque se usaron cebadores "humanos"

Preguntas principales: ¿El hecho de que estemos usando ADN humano como cebadores causa algún problema? ¿Sabemos lo suficiente de esta mancha para determinar la paternidad?

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Para su primera pregunta, la oración podría reescribirse como: "están a ambos lados de sitios altamente polimórficos en el ADN humano que resultan de números variables de repeticiones de nucleótidos en tándem".
Vale, eso tiene mucho más sentido, gracias por aclararlo.
Una transferencia de Southern debe sondarse con ADN marcado. No queda claro a partir de su descripción cuál sería el origen de tal sonda. Las transferencias de Southern tampoco se usan típicamente para resolver y detectar fragmentos tan cortos de ADN; de hecho, necesitaría un porcentaje extremadamente alto de agarosa en un gel para lograr esta resolución. Eso sugiere que en realidad es un gel de poliacrilamida y, por lo tanto, es poco probable que sea una transferencia de Southern. El hecho de que los cebadores coincidan con las secuencias del genoma humano es irrelevante. La pregunta es sobre el uso de VTNR como marcadores genéticos dominantes para "huellas digitales" de muestras de ADN genómico.

Respuestas (1)

Como señaló @canadianer en la sección de comentarios, la secuencia de flanqueo es una secuencia que está inmediatamente cerca del objetivo a ambos lados. Dado que los chimpancés y los humanos están estrechamente relacionados y la secuencia diferente es mínima (según este documento, es aproximadamente el 4% para todo el genoma), por lo que usar cebadores humanos está totalmente bien. Ahora, si observa la imagen del gel: la respuesta es 2. solo A porque solo esta descendencia tiene una variante en gran cantidad (que se puede determinar a partir del ancho de la banda) que se puede adquirir de ambos padres y en este caso, el chimpancé A realmente heredó la variante de 136 pb de ambos padres.

Para el chimpancé 4, cualquiera de los padres puede ser el mismo (como para el chimpancé A) de los dos porque también tiene la variante de 136 pb (que se puede heredar del chimpancé uno o dos), pero tiene una diferente que no puede provenir de los chimpancés 1 y 2.

Como dijiste, el chimpancé 5 se puede descartar instantáneamente porque tiene una banda grande que no se puede encontrar en ninguno de los dos padres.

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