¿Cómo hacer la transición de un doctorado en biología pura a bioinformática/bioestadística?

He estado trabajando como estudiante de doctorado en biología y actualmente en mi último año. Sin embargo, me di cuenta apenas un año después de mi doctorado que odiaba hacer experimentos, realmente lo odiaba. Creo que una de las razones puede ser que, al principio, la mayoría de mis experimentos no funcionaron. Además, no podía justificar pasar años de mi vida trabajando en una pequeña proteína que a nadie le importaba, todo en nombre de la ciencia básica. Inicialmente quería renunciar, pero fue una decisión difícil porque soy un estudiante extranjero y es posible que haya tenido que regresar inmediatamente a casa si lo hubiera hecho.

Durante este período, descubrí que disfrutaba trabajando en estadísticas y aprendí un poco a codificar, principalmente por la noche. Actualmente estoy tomando cursos de codificación en línea y realmente disfruto usando métodos computacionales dentro de mi campo, especialmente en estadísticas. Mi pregunta principal es: ¿es realista cambiar a una carrera en bioinformática y estadística, y cómo puedo hacer esto inmediatamente después de mi doctorado?

Una pregunta clave es qué tipo de bioinformática quieres hacer. La codificación+estadística probablemente sea suficiente para realizar un análisis básico y aplicar las herramientas informáticas disponibles. Sin embargo, si desea tener una comprensión profunda de cómo funcionan estas herramientas, le gustaría construir o mejorar dichas herramientas, o le gustaría usar sus propios modelos, necesitaría una formación más amplia en teoría matemática/CS.

Respuestas (5)

Como estudiante de doctorado en Matemáticas con experiencia en Ciencias de la Computación que trabaja exclusivamente en Bioinformática: ¡definitivamente es posible para ti!

En el Instituto de Biología Computacional de la Universidad George Washington, donde trabajo como GRA, tenemos estudiantes de doctorado, posdoctorados y profesores de diferentes áreas (incluida la biología pura) que trabajan exclusivamente en el área de bioinformática.

Creo que no tienes que cambiar tanto como crees. Solo hace falta un grupo que esté más enfocado en la parte de "informática" más, que en la biología. Pero sigue preocupándose por la Biología para cambiar la principal rutina diaria tuya. Y se necesitarán sus antecedentes, ya que la bioinformática no puede existir sin el razonamiento biológico y la orientación/percepciones biológicas.

Si yo fuera usted, mi primer paso sería encontrar cuál es el problema más relacionado con la "informática" cercano a su investigación actual. Puede que no sea su grupo, que lo está haciendo, pero aún así. Infórmese un poco sobre dicha investigación leyendo artículos relacionados. Y después de eso, es tan simple como escribir un par de correos electrónicos a los IP de los respectivos estudios y decirles que está muy interesado en colaborar en su tema. Esto podría generar una publicación conjunta o incluso una oferta de puesto de posdoctorado del muchacho respectivo.

No contaría mucho con una "carrera" pura en estadística, ya que generalmente requiere más experiencia en matemáticas. Pero los biólogos en bioinformática, que al menos saben hacer estadísticas, son muy difíciles de encontrar. Entonces, cuanto más sepa del lado de la programación/estadística, mejor estará para ir a más grupos de informática.

¡No! No te topes con nada. Piensa cuál es el verdadero problema. ¿Es que no te gusta lidiar con la incertidumbre?

"Odiaba hacer experimentos"

¿Qué te hace pensar que no harás experimentos en "bioinformática y estadística"? Un Experimento no tiene por qué ser algo hecho en probeta. Las personas que trabajan en bioinformática y estadísticas también están experimentando todo el tiempo, están experimentando con su código y métodos. Y sí, la mayoría de las veces las cosas no funcionan. Después de todo, es "Investigación".

O es eso

No podía justificar pasar años de mi vida trabajando en una pequeña proteína que a nadie le importaba.

La mala noticia es que también es cierto en otros campos. Hay muchos métodos/documentos de bioinformática/estadística que a nadie le importan (mi intuición: tales documentos son más comunes en bioinformática/estadística). Nadie puede predecir con absoluta certeza qué funcionará y qué le importará a la gente.

En pocas palabras, los experimentos que no funcionan y a nadie le importa mi investigación son comunes en la ciencia. Si cree que este es el principal problema, ¿cuál es la garantía de que no los enfrentará en otro campo? En ese caso, también debe considerar la opción de mudarse fuera de la academia.

En teoría, es posible cambiar de tema y podría ser más fácil porque los campos están vinculados. Pero no debes olvidar el panorama general y la realidad. No le gusta su tema actual, eso indica que podría haber tomado una decisión mal informada en el pasado. No lo vuelvas a repetir. Antes de tomar cualquier decisión, habla con tu Profesor o alguien que tenga experiencia y te conozca bien (sobre tu trabajo de investigación). Y lo más importante, hable con una persona que esté haciendo bioinformática/estadística. Alguien cuyo trabajo desea idealmente en el futuro. Pregúnteles sobre las dificultades y desafíos del día a día. Ponte en su lugar y luego decide.

Nota 1: si desea trabajar como soporte técnico de bioinformática/estadística, entonces podría ser un poco diferente (menos experimentos). Pero hasta donde sé, la gente del lado del soporte técnico de la ciencia también está haciendo "experimentos".

Nota 2: Como otros mencionaron, las personas que provienen de campos diferentes a la bioinformática/estadística, es cierto, PERO la situación actual es más diferente que hace 10 años. A medida que la bioinformática como campo ha evolucionado y madurado, cada vez más trabajos requieren conocimientos y habilidades más específicos. Aunque no es imposible adquirir habilidades, mi punto es que es mucho más difícil hoy en día cambiar a la bioinformática como lo era hace 10-15 años cuando había menos estudiantes/doctorados específicos en bioinformática.

La naturaleza del laboratorio húmedo y los experimentos computacionales es completamente diferente, así que puedo imaginar que a alguien le guste solo uno de ellos. Y como bioinformático, uno puede trabajar en el desarrollo de métodos básicos (o su interpretación biológica) que pueden ser útiles para toda la comunidad.
@Davidmh +1. El análogo "seco" de realizar un experimento "húmedo" es probablemente ejecutar los cálculos a mano en lugar de en una computadora.

¡Sí tu puedes! Como está lo suficientemente motivado para aprender estadísticas o programación de computadoras, sin estropear su último año, le sugiero que intente publicar un trabajo (con la colaboración de alguien en matemáticas, ciencia de datos, CS), al menos en una conferencia, con un gire hacia bioinfo o biostats. Esto mostrará la curva de su carrera a los futuros empleados.

Definitivamente es posible, yo estaba en la misma posición que tú y yo mismo hice el mismo cambio, aunque lo hice después de un posdoctorado en un laboratorio húmedo. Ahora soy investigador privado de bioinformática.

Personalmente, tuve la suerte de conseguir un puesto en un programa de 3 años diseñado específicamente para tomar biólogos capacitados en laboratorio húmedo y volver a capacitarlos en bioinformática, pero definitivamente no es la única forma de hacerlo.

La mejor manera absoluta de hacerlo sería emprender un pequeño proyecto computacional/estadístico relevante para su trabajo actual. Te irá mucho mejor y es más probable que tengas éxito si encuentras un bioinformático amigable dispuesto a ayudarte con el proyecto, pero no te acerques a él con frialdad y solo di "Quiero aprender a hacer bioinformática, por favor dame una proyecto". Más bien di "Tengo esta idea y me pregunto si podrías ayudarme a realizarla".

Incluso en ausencia de esto, es posible que pueda obtener un posdoctorado en bioinformática. Hay una gran escasez de bioinformáticos capacitados, y si aporta algo de entusiasmo, es posible que pueda conseguir un puesto. Pero dos palabras de advertencia:

  1. Asegúrese de tener la supervisión de alguien que sepa lo que está haciendo; no se ofrezca como voluntario para ser un bioinformático favorito para alguien que no puede supervisarlo sin ningún otro apoyo.
  1. Piense en lo que aporta a la relación: tal vez el puesto es 50:50 húmedo-seco y están buscando a alguien con ambas habilidades, por lo que es posible que deba hacer un laboratorio húmedo para tener la oportunidad de aprender el laboratorio seco. Alternativamente, puede ser un conocimiento biológico específico que un supervisor esté dispuesto a intercambiar a cambio de una capacitación en biología computacional.

Como se señaló anteriormente, probablemente siempre estará en una parte particular de la bioinformática: la parte que aplica herramientas computacionales a problemas biológicos, en lugar de la parte que aplica la informática para crear herramientas.

Solicite una Maestría en Estadística o Ciencias de la Computación, esto puede ayudarlo a obtener una buena base. Luego, solicite puestos de posdoctorado. Una idea aún mejor es obtener su maestría en ciencia de datos y luego encontrar un postdoctorado en algo de ese tipo. La ciencia de datos es un campo muy lucrativo y, si tiene interés, ¿por qué no?