¿Cómo aislar el ARN de la célula huésped (ARNt, ARNm, ARNr) del ARN viral?

Un retrovirus con genoma de ARN infectó una célula huésped. Le gustaría aislar el ARN de la célula huésped (ARNr, ARNt y ARNm) del ARN del virus. ¿En qué propiedades puede confiar para determinar los tres tipos de ARN de la célula huésped, por ejemplo, en términos de su tamaño, complejidad, contenido de GC o abundancia en la célula? El ARN indeterminado se puede identificar como el ARN del virus.

Esta es una pregunta de tarea, ¿verdad?
@Chris Soy un estudiante de bioingeniería que prepara una presentación para la próxima lección, por lo que es una especie de tarea.
Entonces, ¿cuál es tu idea de resolver este problema?
Aquí en Alemania estamos al comienzo del segundo semestre y hasta ahora lo que puedo pensar es usar uracilo radiactivo, pero eso solo 'separaría' el ADN de todo el ARN. Otra idea sería utilizar la reacción en cadena de la polimerasa.
¿Esta pregunta supone un virus desconocido? Entonces, ¿está separando el ARN para poder secuenciar e identificar el virus?
@ user137 no, solo un retrovirus arbitrario. Pero la pregunta era ¿cómo separar el ARN del virus del ARN de la célula huésped? por lo que no necesita especificar qué tipo de virus es.
@Sam Bueno, si conoce el virus y conoce su secuencia genética, es posible que pueda usar RT-PCR para obtener copias de ADN de su ARN. No puedo pensar en una manera de tomar el ARN total de una célula y separar físicamente el ARN del huésped del ARN viral.

Respuestas (1)

Thermo Fisher tiene un protocolo para la separación de ARN de mamífero huésped del ARN procariótico, optimizado para E. coli frente a secuencias humanas, de ratón o de rata. Los oligonucleótidos de captura se unen a porciones del ARN de mamíferos e hibridan. Estos oligo/ARN hibridados luego se eliminan de la solución a través de "perlas magnéticas derivadas de oligonucleótidos", después de lo cual se supone que el ARN restante es de cualquier procariota que se puede precipitar con etanol. Si sabe lo suficiente sobre su virus y su anfitrión, no veo por qué no se puede crear un ensayo similar. De lo contrario, Thermo Fisher tiene enlaces adicionales al protocolo de aislamiento de ARN. Sin embargo, la mayoría de los ensayos virales utilizan suero, plasma, etc. porque el ADN/ARN del huésped eluirá junto con el ARN viral si están presentes, como en las muestras que contienen células.

El retrovirus no es procariótico; por lo que ese kit puede no funcionar. Pero el principio es, como mencionó, el mismo: adsorber oligos que se unirán específicamente al ARN viral en perlas y eliminarán el ARN viral. Se pueden usar oligos modificados como LNA para una unión más fuerte y una vida más larga.
Correcto, estaba pensando más en un ensayo modificado basado en los mismos principios.
¿Cómo aislar el ARN de la célula huésped (ARNt, ARNm, ARNr) del ARN viral?
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