¡Aprende Bioconductor de la manera difícil!

Llegué a analizar datos de genética de poblaciones con la experiencia de un teórico y un biólogo informático, pero no con las herramientas estándar que conoce un bioinformático (o un empirista en genética de poblaciones). Tengo un conocimiento bastante bueno en R y en programación en general.

Estoy buscando un curso/tutorial para aprender bioconductor (y otras herramientas R para analizar datos genéticos). Un curso/tutorial que es corto, denso y asume que el usuario tiene buenos conocimientos de programación. Estoy contento con un video o un tutorial escrito, aunque preferiría ligeramente un tutorial escrito. Por lo general, mi objetivo es analizar datos sobre poblaciones estructuradas, como el número promedio de diferencias por pares entre la población, o graficar el espectro de frecuencia del sitio por población, etc.

Hay un buen número de tales tutoriales. ¿Puede por favor darme recomendaciones?

bioconductor es una fuente de paquetes, puedes pedir tutoriales de paquetes de bioinformática en bioconductor, esas serían las viñetas. Pero no entiendo a qué te refieres con tutoriales para bioconductor. En lo más alto de mi cabeza, si tiene datos de genética de poblaciones, lo más probable es que esté tratando con distribuciones normales. Hay paquetes estadísticos que son mucho más robustos que la mayoría de los paquetes sobre bioconductores. Esta pregunta es un poco confusa en cuanto a lo que quiere hacer y qué tipo de datos tiene.

Respuestas (1)

Recomiendo el tutorial de DESeq2 en:

http://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/

Creo que este es un buen comienzo para ti porque:

  • DESeq2 es un paquete muy popular. Aprenderá cómo trabaja exactamente un bioinformático.
  • El flujo de trabajo comienza desde las alineaciones y le muestra cómo conectar las herramientas de línea de comandos con el paquete R
  • Le muestra cómo generar un diagrama MA, un diagrama PCA, etc. Apreciará lo fácil que es hacer estas cosas en R.
  • Las pruebas de expresión génica diferencial son muy importantes
  • Aprenderá cómo R hace la programación. Por ejemplo, en R es una buena idea crear un objeto de conjunto de datos y hacer algo como esto:

obj <- .... # This is my R-object
obj <- fun1(obj) <- # Function 1 adds information to the object
obj <- fun2(obj) <- # Function 2 adds more information to the object

No puedo arreglar el formato. ¿Alguien me puede ayudar?
Traté de arreglar el formato, pero el formato parece tener errores.
@bli Lo siento, traté de responder la pregunta lo mejor que pude, pero de alguna manera arruiné el formato.
Quiero decir, no parece ser culpa tuya que el formato esté jodido: normalmente, la sangría de 4 espacios funciona y me parece que lo hiciste bien. ¿O tal vez no se espera que el formato de código funcione después de las listas?
@bli Sí. Estaba tratando de formatear el código, pero no pude hacerlo funcionar...
Parece estar sucediendo debido a <. No sé por qué. Posiblemente porque indica el comienzo de las etiquetas xml/html.
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