¿Alguien volvió a tapar la tumba de Dumbledore?

No lo sabemos, pero probablemente sí. Al final de Harry Potter y las Reliquias de la Muerte, el plan de Harry es devolver la varita a la tumba de Dumbledore. Creo que podemos suponer razonablemente que si aún no se ha reparado, uno de los siguientes actos de Harry habría sido arreglarlo.

También parece sumamente improbable que los magos que permanecieron en el castillo hubieran dejado el cadáver de Dumbledore expuesto a los elementos.

En realidad, nunca se dice, pero se puede suponer con seguridad.

Hay demasiadas posibilidades de que alguien lo haya cerrado para pensar que la tumba de Dumbledore quedó abierta. Lord Voldemort pudo haber cubierto la tumba él mismo, no por respeto, sino para evitar que alguien se diera cuenta de que había sido manipulada.

Incluso si no lo hiciera, si otro mago notara que estaba abierto, podrían haberlo cerrado ellos mismos. Dumbledore era respetado y amado por muchos, y siendo magos, si alguien quisiera cerrarlo, no les habría tomado mucho tiempo o esfuerzo físico cubrirlo.

La evidencia más concluyente de que la tumba de Dumbledore habría sido cerrada es que Harry planeó volver a colocar la Varita de Saúco. Dumbledore fue su mentor, a quien más tarde le daría el nombre de su hijo. Harry claramente se preocupaba por él. Sería extraño pensar que Harry cavaría una tumba para Dobby (que era mucho menos importante para él que Dumbledore) sin usar magia, y querría poner la Varita de Saúco con Dumbledore, pero estaría bien con dejar la tumba de Dumbledore descubierta.

(Después de terminar esto, me di cuenta de que mucho de esto ya se había dicho en la respuesta y los comentarios anteriores, pero ya lo escribí, así que aquí está).