¿Abrir datos de fMRI?

El centro de datos fMRI ( www.fmridc.org ) fue uno de esos depósitos. Hace unos diez años, era un requisito para la publicación en el Journal of Cognitive Neuroscience que enviara su conjunto completo de datos de fMRI al fMRIDC. Este requisito solo existió durante algunos años, pero terminaron teniendo más de 120 conjuntos de datos antes de que se agotara la financiación de la subvención. El archivo se está trasladando actualmente a UCLA, por lo que en este momento no puede solicitar ningún dato.

Una manera fácil de obtener algunos datos podría ser obtener uno de los conjuntos de datos del tutorial de SPM. Tienen la ventaja de que ya están preprocesados ​​o hay instrucciones sobre cómo preprocesar los datos en línea. También tienden a ser de bastante alta calidad, por lo que tendrá menos problemas con el ruido mientras trabaja en su nuevo análisis. Puede encontrar los datos del tutorial aquí: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/data/

Finalmente, creo que la mayoría de los investigadores de imágenes estarían abiertos a la colaboración y el intercambio de datos. Trabajé con un estudiante de posgrado en el departamento de estadísticas durante algunos años en un nuevo análisis de autocorrelación que le interesaba. Simplemente envíele un correo electrónico al investigador con una breve propuesta y vea si son receptivos a la idea.

Otras posibles fuentes de datos:

• nitrc.org : los datos han sido preprocesados, pero no hay una lista completa de lo que se ha hecho y cómo se han recopilado los datos. Tal vez la información esté oculta en las publicaciones anteriores. De todos modos, no lo usaría para la investigación en el estado actual.
• birncommunity.org : Los conjuntos de datos vienen en formato DICOM, es decir, directamente del escáner MR.
• oasis-brain.org : ¿Parece albergar solo imágenes de RM estructurales (no funcionales como se solicitó)?
• humanconnectome.org : Los datos se ofrecen en múltiples versiones, pero una vez más, uno tendría que hacer mucho preprocesamiento por sí mismo.
• openfmri.org : Al igual que con los demás, la cantidad de información proporcionada es mínima.

Esto podría ser más adecuado como comentario, pero no estoy autorizado a publicarlo.

Revisé la buena lista recopilada por Craig Bennett:

nitrc.org: Los datos han sido preprocesados, pero no hay una lista completa de lo que se ha hecho y cómo se han recopilado los datos. Tal vez la información esté oculta en las publicaciones anteriores. De todos modos, no lo usaría para la investigación en el estado actual.

birncommunity.org: Los conjuntos de datos vienen en formato DICOM, es decir, directamente del escáner MR.

oasis-brains.org: ¿Parece albergar solo imágenes de RM estructurales (no funcionales como se solicitó)?

humanconnectome.org: Los datos se ofrecen en múltiples versiones, pero una vez más, uno tendría que hacer mucho preprocesamiento por sí mismo.

Una opción más a la lista es www.openfmri.org, pero al igual que con los demás, la cantidad de información proporcionada es mínima.

Realmente, ¿no hay ningún conjunto de datos público que esté listo para usar para análisis de un solo sujeto y de grupo? Al igual que el OP, estaría interesado en tales conjuntos de datos. Tal que vendría con los detalles necesarios....

Recientemente hubo un problema sobre los repositorios de datos de neuroimagen. Acabo de copiar la tabla que los enumera a todos de este documento . (Siéntase libre de agregar enlaces, lo haré cuando tenga más tiempo).

Título, Autor

1. El repositorio de imágenes NITRC,Kennedy DN et al.
2. El repositorio de datos de Function Biomedical Informatics Research Network,Keator DB et al.
3. El archivo de imágenes y datos del Laboratorio de Neuroimagen, Crawford K. et al.
4. Intercambio de datos COINS: una plataforma abierta para compilar, seleccionar y difundir datos de neuroimagen,Landis D. et al.
5. Intercambio de datos de neuroimagen en la plataforma de base de datos de neuroinformática, Libro GA et al.
6. XNAT central: datos de investigación de imágenes de código abierto, Herrick R. et al.
7. Instituto de Ciencias de la Imagen de la Universidad de Vanderbilt Centro de Imagen Computacional XNAT: un entorno de procesamiento y archivo de datos multimodal,Harrigan L. et al.
8. ConnectomeDB: compartir datos de conectividad del cerebro humano, Hodge R. et al.
9. MGH: conjuntos de datos del proyecto de conectoma humano de la USC con resonancia magnética de difusión de valor b ultraalto,Fan Q. et al.
10. La cohorte de desarrollo neurológico de Filadelfia: un recurso disponible públicamente para el estudio del desarrollo cerebral normal y anormal en la juventud, Satterthwaite D. et al.
11. Repositorio de imágenes cerebrales del programa de biomarcadores de la enfermedad de Parkinson, Vaillancourt D. et al.
12. El componente de imágenes de tensor de difusión (DTI) del estudio NIH MRI del desarrollo cerebral normal (PedsDTI),Pierpaoli C. et al.
13. El Archivo de Datos de Neuroimagen de la Universidad Northwestern (NUNDA),Alpert K. et al.
14. The Age-ility Project (Fase 1): repositorio de datos electrofisiológicos y de imágenes estructurales y funcionales,Karayanidis F. et al.
15. The Open Science CBS Neuroimaging Repository: intercambio de imágenes de resonancia magnética de campo ultraalto del cerebro,Tardif L. et al.
16. El repositorio de datos Pediatric Imaging Neurocognition and Genetics (PING), Jernigan L. et al.
17. SchizConnect: mediando bases de datos de neuroimagen sobre esquizofrenia y trastornos relacionados para la integración a gran escala,Wang L. et al.
18. Compartiendo datos en la red interactiva global de la asociación de Alzheimer,Neu SC et al.
19. Integración de datos: datos combinados de imágenes y electrofisiología en la nube,Kini G. et al.
20. OMEGA: el archivo MEG abierto,Baillet S. et al.
21. El ecosistema de procesamiento e intercambio de datos de MNI, Das S. et al.
22. Intercambio de datos de esquizofrenia de la Universidad Northwestern para SchizConnect: un conjunto de datos longitudinales para la integración a gran escala,Kogan A. et al.
23. El depósito de datos de la Red de Investigación de Informática Biomédica del Flujo Sanguíneo Cerebral (CBFBIRN),Shin D. et al.
24. La base de datos PLORAS: un depósito de datos para predecir el resultado del lenguaje y la recuperación después de un accidente cerebrovascular,Seghier M. et al.
25. La base de datos del Center for Integrated Molecular Brain Imaging (Cimbi), Knudsen M. et al.
26. Integración de bases de datos de conjuntos de datos de imágenes neurológicas específicos del protocolo,Pacurar E. et al.
27. BIL&GIN: una base de datos genética, conductual y cognitiva de neuroimagen para el estudio de la lateralización del cerebro humano,Mazoyer B. et al.
28. Pain and Interoception Imaging Network (PAIN): un repositorio multimodal de imágenes cerebrales multisitio para trastornos de dolor somático y visceral crónico,Labus J. et al.
29. Cerebros y mentes conectados: el depósito de UMCD para matrices de conectividad cerebral,Brown A. et al.
30. NeuroVault.org: un repositorio para compartir parcelaciones de mapas estadísticos sin umbral y atlas del cerebro humano, Gorgolewski J. et al.
31. ANIMA: una iniciativa de intercambio de datos para metanálisis de neuroimagen,Reid T. et al.
32. Una base de datos de plantillas de resonancia magnética promedio apropiadas para la edad,Richards JE et al.
33. La base de datos de Cambridge MRI para modelos animales de la enfermedad de Huntington, Sawiak J. et al.

Buscaría datos en OpenfMRI https://openfmri.org/ . Tiene, a partir de 2016, una creciente colección de datos e intenta presentar los datos en una forma estandarizada, por lo que será fácil trabajar con conjuntos de datos.

Como señaló @craig-bennett, hay problemas con el centro de datos de fMRI: me temo que el centro de datos de fMRI todavía (a partir de 2016) ya no es compatible. Cuando pruebo ahora http://www.fmridc.org no veo nada.