Recientemente leí un artículo llamado "An automated labeling system for subdividing the human cerebral cortex on MRI scans into gyral based regions".Quiero usar el método de este artículo para aplicarlo a mi conjunto de datos para obtener máscaras anatómicas. Ya instalé fsl en mi sistema Linux. Pero todavía no puedo entender completamente este documento. Específicamente, quiero obtener Temporal Occipital Fusiform gyrus (TOFC)y la lateral occipital Cortex (LOC)región de interés. ¿Alguien puede ayudarme?
Soy un investigador de TMS, pero no fMRI, pero tengo experiencia en el uso de máscaras anatómicas. Puedo guiarte a través de los pasos para hacer una máscara anatómica, pero lamentablemente no tengo ningún código para ofrecerte.
En primer lugar, necesita un conjunto de coordenadas x, y y z que especifiquen dónde están TOFC o LOC. Una forma de encontrarlos es encontrar un documento que informe los valores x, y, z correspondientes a un vóxel que contiene las coordenadas de cambio de señal en NEGRITA pico dentro del LOC o TOFC. Una forma alternativa podría ser encontrar algunos estudios anatómicos que le proporcionen estas coordenadas. No puedo recomendarte uno u otro; esta es una decisión que usted debe tomar en función de los análisis que está realizando.
Una vez que haya encontrado algunas coordenadas LOC o TOFC con las que esté satisfecho, puede crear una máscara basada en ellas utilizando FSLView (escriba fslview en la terminal de Linux para abrirla).
En primer lugar, abra FSLView y abra una de las imágenes cerebrales estandarizadas. Puede ingresar sus coordenadas TOFC o LOC (en el espacio MNI o Talairach; recomendaría MNI) en FSL usando los cuadros x, y y z en la esquina inferior izquierda. Esto moverá una cruz en la parte superior del vóxel de pico. Luego haga clic en archivo - crear máscara. Esto le permitirá usar la barra de herramientas, en esta barra de herramientas verá un icono con forma de lápiz. Úselo para marcar el vóxel al que apunta la cruz, asegurándose de que corresponda a los vóxeles que ingresó anteriormente. Haga esto por separado para ambos sitios
Luego puede guardar esto, tendrá una imagen que contiene una máscara anatómica que indica dónde están LOC y TOFC. Si esto no está claro, pruebe este blog: un investigador de fMRI en mi laboratorio lo encontró realmente útil.
http://andysbrainblog.blogspot.co.uk/2012/11/creating-masks-in-fsl.html
¡Buena suerte!