Como mencionó BMWurm antes que yo en su comentario, el único caso conocido de pena de muerte es la Orden General 7 mencionada en la pregunta.
En general, la Almirante tenía razón en su afirmación. Era una situación excepcional, y el punto era que, en comparación con los klingon y su valor de la vida (especialmente extraterrestre), la Federación ha abandonado por completo la pena de muerte.
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Cabe señalar que la justificación del contenido de la Orden General 7 se clasificó como "MÁXIMO SECRETO solo para los ojos del Comando de la Flota Estelar", lo que significaría "no divulgar a nadie que no esté en el Comando de la Flota Estelar, especialmente los klingon, incluso si parecen ser desertores".
Una declaración del almirante Cornwell de que la Federación no tiene la pena de muerte, excepto por una situación que concierne a un planeta, sin libertad para discutir por qué, habría creado dudas y confusión, y no presentaría el contraste entre la Federación y los klingon.
Según Memory Alpha, el encuentro del Capitán Pike en la Talos IV fue en 2254.
Discovery está ambientado en 2256.
The Menagerie tiene lugar mucho más tarde, en 2267.
Dado lo controvertido que sería una sentencia de muerte, no parece descabellado suponer que tomó más de dos años para finalmente decidir sobre ella, y mientras tanto la propuesta sería sobre la base de "necesidad de saber". Por lo tanto, es posible que la Orden General 7 aún no existiera en el momento en que el Almirante Cornwell habló, aunque podría o no haber estado al tanto de la propuesta.
Alternativamente, el almirante Cornwell podría estar haciendo una distinción entre la Ley de la Federación y la Ley de la Flota Estelar. Creo que existe un precedente en el mundo real de que la ley militar todavía incluye la pena de muerte incluso en naciones que de otro modo no hacen uso de ella. Presumiblemente, como desertor potencial, L'Rell no sería parte de la Flota Estelar y no estaría sujeto a la ley militar.
BMWurm