WhatsApp está respaldado en iCloud Storage y iCloud Backup

Eliminar uno no afecta al otro ya que son copias de seguridad de diferentes tipos.

• La copia de seguridad en iCloud Backup (primera captura de pantalla) es una copia de seguridad del contenido del contenedor de la aplicación en su iPhone. Se realiza una copia de seguridad cada noche a medida que se realiza la copia de seguridad de iCloud, o de forma manual cuando se hace una copia de seguridad ahora.

• La 'copia de seguridad' en iCloud Storage (segunda captura de pantalla) es una copia de seguridad creada por WhatsApp usando Configuración de WhatsApp → Chats → Copia de seguridad de chat. Esto se respalda como máximo según el intervalo establecido en la configuración de WhatsApp, o manualmente cuando hace una copia de seguridad ahora.

Depende de usted qué copia de seguridad elige mantener. Personalmente, usaría el propio servicio de copia de seguridad de WhatsApp con iCloud en lugar de iCloud Backup.

Es posible que desee tener en cuenta que al realizar una copia de seguridad de WhatsApp a través de la segunda opción, como se explica en grg , la forma de almacenamiento de iCloud, esas copias de seguridad activarán todas sus Mac con iCloud Drive activado para sincronizar los datos de WhatsApp con un archivo oculto en macOS y afecta su espacio de almacenamiento en esos dispositivos, su ancho de banda y, en el caso de las computadoras portátiles, también la duración de la batería ( https://apple.stackexchange.com/a/237207/54388 ).