La Federación y la Flota Estelar son dos entidades separadas.

La Federación es un gobierno civil y una democracia que une varios planetas bajo un mismo estandarte (un concepto similar es la Unión Europea). Esto los convierte en gobiernos independientes que están unidos en un bloque político para compartir comercio/tecnología. La Federación podría haber sido fundada en la Tierra, pero fue fundada por varias especies trabajando juntas.

Starfleet es una organización "militar" anterior a la federación. Fue creado por la tierra como su forma de armada espacial para proteger la Tierra. Y después de que se fundó la Federación, extendieron su protección a los estados miembros de la federación. Los mundos miembros de la federación suministran tecnología y tripulación a la Federación, pero no están obligados a hacerlo. Esta es la razón por la que algunos miembros de la Federación todavía mantienen su propia flota/fuerzas de defensa y por la que la Flota Estelar es predominantemente humana. Esta es también la razón por la que la flota de la Federación se basa en las naves diseñadas por humanos y no, por ejemplo, en los andorianos/vulcanos que tenían naves superiores en comparación con la tierra durante la fundación de las federaciones.

En DS-9 por ejemplo algunos miembros de la Flota Estelar querían dar un golpe a la Federación. Pensando que el liderazgo civil no sería lo suficientemente fuerte para proteger los mundos de la federación del Dominio. Y aunque la Flota Estelar opera principalmente de forma independiente, tiene que obedecer el estado de derecho de la Federación y los miembros de alto rango de la federación tienen mucha influencia dentro de la Flota Estelar, pero al final del día es la Flota Estelar la que toma las decisiones militares.

Es importante recordar el contexto de Discovery Season 3

spoilers

La Flota Estelar es para la Federación lo que el ejército es para cualquier país que los haya lanzado. Ese país patrocinador proporciona personal, suministros, barcos, astilleros, etc. Entonces, el ejército de los Estados Unidos está financiado por los Estados Unidos. No es una entidad separada.

La tenemos La Federación. No son estados, sino mundos, y estos mundos están separados por grandes diferencias. Como señala Burnham, se trata de "su visión compartida". La Federación apoyó a la Flota Estelar, convirtiéndola en la entidad que hemos visto en los siglos 23 y 24.

El problema que tiene la Flota Estelar es "The Burn", que destruyó prácticamente todas las naves de la Flota Estelar e hizo que el dilitio fuera excepcionalmente raro. Como tal, la Flota Estelar ahora está aislada de la mayoría de los mundos que componen la Federación sin ninguna forma aparente de construir naves o reponer dilitio. De hecho, vemos que ni siquiera pueden mantener operativos sus relés subespaciales. Starfleet simplemente está luchando por sobrevivir como una entidad en sí misma. Esto encaja con lo que nos dice Book en S3E1, que la Federación básicamente se vino abajo sin naves estelares en general para mantenerla unida. Lo vimos nuevamente en S3E4, donde la Tierra ahora es un gobierno autónomo (y algo xenófobo).

Como tal, sin el apoyo de la Federación de manera significativa, la Flota Estelar se convirtió en su propia entidad: una entidad casi militar sin una misión más allá de la supervivencia. Lo que Saru quiere decir al final es que la Flota Estelar ahora tendrá que aceptar los ideales de La Federación nuevamente si espera sobrevivir.