¿Son estos dos proyectos secretos iguales?

Según el presidente de Marvel Studios, Kevin Feige, el Proyecto Pegaso en Capitana Marvel representa una etapa anterior del mismo esfuerzo general que se muestra en la primera película de los Vengadores (y mencionado en Iron Man 2):

"PEGASUS dejó de tener nombre... en Iron Man 2, luego también está en la cima de Avengers 1", dijo Feige. "Y fue al principio vincularla a ese MCU temprano. ¿Qué sabemos sobre el período del MCU en los años anteriores a Iron Man? Bueno, Tesseract y PEGASUS fueron parte de eso. Y luego también estás viendo otro lado de esa misma instalación fue interesante".

Fuente: entrevista de comicbook.com el 8 de marzo de 2019

Esta es una interpretación basada en hechos reales de las películas , puede volver a verificarlos y quemarme en la hoguera si me equivoco, pero hágalo en base a datos similares.

El Proyecto PEGASUS puede tener el mismo nombre y estar en las mismas instalaciones, pero en Captain Marvel NO es un Proyecto SHIELD.

1. En la película Capitana Marvel vemos que:

SHIELD está al tanto del Proyecto PEGASUS. En la película, Nick Fury dice que la ubicación de Pegasus es clasificada. Sin embargo, su baja autorización de seguridad es suficiente para que sepa dónde está.

En la puerta se identifica como un agente de SHIELD, no está diciendo "este es el agente Fury", está diciendo: "Nicholas Joseph Fury, agente de SHIELD", esto puede ser exagerado, pero de esto se puede inferir que él es de un agencia que es externa a PEGASUS.

No es fácil hacerse una idea, pero sobre el minuto 43 llegan a la base real y vemos en pantalla este título:

PROYECTO PEGASUS INSTALACIÓN CONJUNTA NASA USAF

No SHIELD-NASA, sino USAF-NASA

Cuando están adentro, no hay un solo científico o agente de SHIELD a la vista y son recibidos por personal militar . Luego se les hace esperar y deciden buscarse a sí mismos, ahí es cuando Fury envía un mensaje de beeper a SHIELD pidiéndole que venga a ayudarlos . Si fuera una base de SHIELD estarían rodeados de agentes en menos de 5 minutos, ya que... es una base de SHIELD. Pero no lo son.

También se puede pensar que, al ser un Proyecto SHIELD, no hay necesidad de buscar información porque ya la tienen... a menos que se trate de una base secreta de HYDRA que nadie conoce (como la de Capitán América: El Soldado de Invierno) o de otra entidad (como Guesthouse en Agents of SHIELD). Pero esta es una instalación de investigación gubernamental simple a la que también accede la NASA, que ya es conocida por un agente de seguridad de nivel 3 como Fury.

2. Diferencias con la película Avengers:

Otro detalle es que en Avengers, Project Pegasus está oficialmente buscando nuevas fuentes de energía (aunque en realidad están fabricando armas, como el Capitán América descubre más adelante en la película), mientras que en Captain Marvel Project Pegasus está desarrollando nuevos aviones (lo que hace más plausible la participación de la Fuerza Aérea de EE.UU.).

3. El preludio de los Vengadores

Mi opinión, basada en The Avengers Prelude: Fury's Big Week, es que este proyecto fue abandonado por la Fuerza Aérea, tomado por el Consejo de Seguridad Mundial y reasignado a SHIELD, con un objetivo completamente nuevo (incluso desecharon los logotipos).

Otras fuentes que pueden apoyar mis observaciones:

La página wikia de mcufandom para Project Pegasus dice que:

Proyecto PEGASUS (o Pegasus) era el nombre del proyecto conjunto de la NASA y la Fuerza Aérea de los Estados Unidos dirigido por Wendy Lawson. El objetivo del proyecto era estudiar el Tesseract para construir el motor de velocidad de la luz. El Proyecto fue clausurado tras la muerte de Lawson en 1989 y reiniciado por el Consejo de Seguridad Mundial y SHIELD , para continuar con los experimentos en el Tesseract, hasta que las acciones perpetradas por Loki hicieron que el proyecto dejara de existir.

En la novela en prosa (canónica) The Cosmic Quest Volume Two: Aftermath , el Dr. Selvig describe el proyecto PEGASUS como uno de los proyectos encubiertos de SHIELD.

Años más tarde, Selvig contrató a Tan para trabajar con él en el Proyecto PEGASUS de SHIELD, donde estudiaron el Tesseract día tras día, y ella se convirtió en una de sus amigas y colegas más cercanas.