¿Se puede usar la concentración de una quinasa para identificar su sustrato?

La concentración de una quinasa es completamente independiente de la concentración del sustrato y viceversa. En una cascada típica de cinasas (como la vía Ras→Raf→MEK→Erk ), la transducción de señales generalmente se amplifica con cada paso sucesivo. Una población relativamente pequeña de una quinasa (como Raf) fosforila órdenes de magnitud más de sus sustratos (como MEK1/2), que a su vez fosforilan órdenes de magnitud más moléculas p44/42 MAPK (Erk1/2). Estos luego fosforilan factores de transcripción como c-Myc que se translocan al núcleo y afectan la expresión de genes diana. Con el tiempo, los niveles de proteína dentro de la célula cambian, incluidos los niveles de los diversos componentes de la vía o sus inhibidores (como las fosfatasas, componentes de la maquinaria de degradación de proteínas como las ligasas de ubiquitina , etc.), lo que permite la regulación de la señal.

Por lo tanto, para cualquier quinasa dada en cualquier momento posterior a la estimulación, como con un factor de crecimiento, la concentración y el estado de fosforilación de su(s) sustrato(s) pueden variar enormemente. Por ejemplo, en la vía clásica NK-κB , activada por TNFα , uno de los principales sustratos del complejo IKKα/IKKβ quinasa es el inhibidor IκBα, que tras la fosforilación es rápidamente ubiquitinado y degradado por el proteasoma. Sin embargo, uno de los primeros genes diana del dímero del factor de transcripción NF-κB p65/p50 activado es el propio Ikba , que regula negativamente la activación de la vía.

No sé exactamente qué información contiene su conjunto de datos, por lo que no puedo comentar demasiado sobre sus resultados. Sin embargo, solo graficar las concentraciones de sustrato que corresponden a las concentraciones de quinasa en varios puntos de tiempo solo le dará una información: que algunos sustratos tienen concentraciones muy similares a la quinasa, lo que no significa nada. Todo eso es sesgo de confirmación: ha decidido su resultado, luego eligió los datos que lo confirman. Apuesto a que si fueras a graficar las concentraciones de sustratos directos junto con tu quinasa, no encontrarías ninguna relación, porque como he descrito anteriormente, biológicamente no existe.