¿Qué hizo ondular el agua de la piscina del Templo Jedi?

Creo que has dado en el clavo. Luke estaba, en el mismo momento en que la piscina de los Jedi comenzó a ondular, reconectando con la Fuerza Viva. La "energía bruta" de esa conexión, junto con el propio Templo cargado con la energía de la Fuerza de miles de acólitos Jedi, es presumiblemente lo que hizo que el agua se moviera.

Luke se sentó, sus piernas protestando cuando las obligó a ponerse en posición. Puso las manos en el saliente rocoso, donde tantos Jedi habían meditado durante eones, y cerró los ojos. Respirar. Sólo respira.
El viento llenó sus oídos, el compañero constante de la isla. Ahora era un susurro, la conversación en voz baja de la brisa otoñal en lugar del gemido del invierno o el aullido de una tormenta de verano. Podía oír el canto de los pájaros nocturnos mientras cabalgaban por encima de él, y los cantos de metrónomo de los insectos de la hierba.
Detrás de él, en el templo antiguo, la superficie inmóvil del agua en la fuente antigua comenzó a ondularse y bailar.

_{^{Star Wars: Los últimos Jedi: Edición ampliada}}

Para que conste, Rey aún no había entrado en la Cueva de los Espejos (ya que Luke pudo usar la Fuerza para verla mientras caía), por lo que es poco probable que eso fuera lo que estaba causando que el agua en la fuente bailara.