¿Qué es un perfil de número de copia segmentado?

Sí, una muestra puede contener diferentes alteraciones. Para cada paciente, normalmente se extrae una muestra de tumor. Ese espécimen se puede dividir en varias muestras (p. ej., una para la secuenciación de ADN, otra para la secuenciación de ARN, una para la micromatriz de metilación y otra para la micromatriz de variación del número de copias), sin embargo, cada muestra contiene miles de células individuales y dos células adyacentes pueden tener diferentes CNV (dependiendo de su ascendencia clonal, etc.). En otras palabras, un tumor es una colección heterogénea de células. Para algunos tipos de tumores, incluso puede haber células sanas mezcladas.

El término en la literatura es evolución clonal , hay una bonita imagen en este artículo: Heterogeneidad tumoral

Para responder directamente a la cita presentada,

Los perfiles de número de copias segmentadas representan el resultado sumado de todas las SCNA [alteraciones del número de copias somáticas] que ocurrieron durante el desarrollo del cáncer.

A medida que progresa un tumor, la inestabilidad genómica a menudo puede aumentar. Es decir, cada vez se producen más SCNA. Debido a esto, un SCNA puede superponerse a otro.

Por ejemplo, observe la progresión tumoral del cromosoma anterior. Digamos que tiene una pérdida en este cromosoma ( Evento 1 el cromosoma MATERNO). Esta pérdida puede ocurrir por muchos mecanismos en los que no entraré. El tumor prolifera, se divide muchas veces y las mutaciones se acumulan. Estas mutaciones pueden causar que ocurran más eventos, y quizás en este mismo brazo cromosómico, se duplique la parte distal de la copia restante ( Evento 2, el cromosoma PATERNO).

En el perfil del número de copias, parecerá como si tuviera una pérdida en solo una parte intersticial del cromosoma. Pero mirando de cerca los datos, puede ver que también ha perdido heterocigosidad en la porción distal del cromosoma (ahora tenemos dos copias del cromosoma PATERNO y 0 copias del MATERNO). Este es un ejemplo simplificado y pueden ocurrir muchos eventos a lo largo del mismo brazo cromosómico. Si el cromosoma paterno tiene una mutación, esto puede significar una ventaja selectiva para el tumor o resistencia a las terapias con medicamentos.

Por lo tanto, el perfil CN representa una instantánea en el tiempo de cuál era el estado del número de copia en ese momento, sin información explícita sobre cómo se obtuvo ese estado del número de copia.