Estoy comparando 12 metagenomas. Estoy usando recuentos de HMM de varias proteínas que se sabe que existen como grupos dentro de ciertos operones. Agrupé los recuentos de HMM para cada tipo de operón y calculé el índice de Shannon-Weaver para cada metagenoma.
Mi pregunta es: ¿Puedo comparar estos índices? ¿Hay una mejor prueba para usar que la prueba U de Mann Whitney? Me gustaría hacer esto en los datos desagrupados, pero tengo muchos ceros para algunos campos.
No soy un experto en el índice de Shannon-Weaver, pero según wikipedia es lo mismo que la entropía de Renyi transformada exponencialmente . Si es el caso, puede compararlos ya que son estadísticas de resumen invariantes de escala. Si desea barras de error, siempre puede probar métodos de remuestreo como el arranque. La prueba de hipótesis también se puede hacer con bootstrapping, aunque el poder de la prueba estadística puede no ser muy fuerte y fallar en rechazar el valor nulo.
Es bastante simple normalizar esta medida por el número de observaciones, por lo que puede tener valores en el rango de 0-1 al final, que son mucho más fáciles de comparar.
memming
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memming