Proyecto Genoma ¿Enfocándose en el gen ADRB2?

No estoy seguro de qué base de datos de proyecto usar UCSC o Ensembl para mi estudio de asma sobre el gen ADRB2 (genotipo Arg/Arg-16).

Estoy usando la base de datos original del Proyecto Genoma Humano en este momento. Sin embargo, creo que Ensembl puede ser más adecuado para mí.

¿Qué base de datos del genoma es buena para la investigación del asma por polimorfismo de nucleótido único (variaciones SNP)? Estoy buscando algo que tenga herramientas de visualización existentes o uno en el que pueda escribir fácilmente uno mismo.

No entiendo lo que estás preguntando. Ensembl tiene subsecciones que le permiten ver un solo genoma. El hecho de que la base de datos tenga otros genomas es irrelevante. ¿Cómo llamas al "Proyecto Genoma Humano original"? ¿Te refieres a la UCSC? ¿Qué tipo de datos quieres visualizar?
Creo que puede ser la UCSC la primera en salir. Herramientas que dan una visión general de la base de datos y me permiten centrarme en alguna muestra.
En realidad, no hay diferencia entre las bases de datos, ya que utilizan los mismos conjuntos de datos. Solo la forma en que puede mostrar y ver los datos es diferente. Me gusta más Ensembl, pero este es un sabor. Y obtuve una muy buena introducción.
@Masi, todos hacen eso, ese es el punto de un navegador de genoma. ¿Puede editar su pregunta y reducirla? Todavía no sé qué necesitas que no te ofrecen ni la UCSC ni el Ensembl. La única forma de elegir entre ellos es la elección personal o las herramientas específicas proporcionadas, pero como no explica lo que quiere hacer, es difícil ayudar.
@terdon ¡Gracias por sus comentarios! Recojo el gen Arg/Arg-16 que estoy hojeando en el asma infantil.
Vuelvo a preguntar, por favor aclara. Arg/Arg16 no es un gen, es un genotipo; Creo que el gen al que te refieres es ADRB2. Todavía no nos has dicho qué le falta a las herramientas que estás usando. No has explicado qué es exactamente lo que quieres visualizar ni qué es exactamente lo que estás mirando. Estoy empezando a suponer que buscas variaciones de SNP, pero no estoy seguro. Mencionas vertebrados, ¿eso significa que quieres hacer algún tipo de análisis comparativo? Edite y sea más específico.
¡Gracias por los comentarios útiles! Enfoqué la pregunta aún más. Solo ADRB2 y SNP.
Entonces, ¿está buscando una manera de encontrar SNP mapeados en el gen ADRB2?
Sí. Tienes razón.

Respuestas (1)

Si está buscando variaciones en un gen, hay algunas bases de datos que puede consultar.

Por supuesto, puede usar los navegadores de genoma habituales, buscar su gen y luego seleccionar las variaciones enumeradas. Para ADRB2, esto se ve así en Ensembl. Si planea recuperar y comparar datos de diferentes genomas/genes, realmente recomiendo aprender a usar Biomart , ya que es una herramienta muy poderosa.

Luego, puede usar bases de datos o motores de búsqueda específicos, que solo apuntan a SNP. Ejemplos serían: DBSnp y SPSmart (que consulta diferentes bases de datos).

Muy clara y excelente respuesta! ¡Gracias por mencionar esas herramientas! Estoy en el comienzo de revisarlos y aprenderlos. :)
De nada. Por cierto: si tienes la oportunidad de participar en uno de los cursos de Ensembl, hazlo. Definitivamente vale la pena el tiempo.
Lo haré cuando mis estudios pasen a la fase de Clínicas.
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