Digamos que tengo una población de Mus musculus en el laboratorio. Lo divido en un grupo de control y un grupo de prueba. El grupo de prueba está sometido constantemente a un estrés (ejemplo: radiación ultravioleta elevada). Ambos grupos pueden reproducirse durante 20 generaciones. Quiero caracterizar completamente y comparar lo que cambió en cada descendencia (grupo de control frente a grupo de prueba) mediante el uso de ómicas. El objetivo es entonces integrar toda esta información en una nueva base de datos con las vías que cambian y en qué magnitud.
Este es un ejercicio puramente didáctico.
¿Debo usar genómica o exómica o epigenómica?
Depende de lo que quieras mirar. La secuenciación del genoma completo le dará todas las mutaciones. Si solo está interesado en la parte de codificación del genoma, puede optar por la secuenciación del exoma. Aunque la secuenciación del exoma le ahorrará tiempo y recursos considerablemente, puede perder mucha información relevante de la parte no codificante y reguladora del genoma.
La epigenómica es un término muy amplio. Tiene varios aspectos. Puede optar por el metiloma de ADN, el posicionamiento del nucleosoma o ChIP-Seq para la modificación/variantes de histonas.
Sugeriría que, si puede permitírselo, opte por la secuenciación del genoma completo. La siguiente opción sería la secuenciación del exoma. Una vez que tenga estos datos, podría ser relevante agregar la tercera capa de metiloma de ADN.
Si hago uno de los anteriores y proteómica, ¿para qué podría necesitar la transcriptómica?
¿La metabolómica, que son principalmente medidas puntuales, agregaría alguna información valiosa?
Claro, agregan información. Si es de gran valor o no, depende del estudio que estés realizando. Por ejemplo, si está estudiando el papel del estrés en la diabetes, hacer un estudio de metabolómica puede ser de gran valor.
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