Me gustaría hacer una predicción de la estructura química utilizando fórmulas de moléculas conocidas. Estoy familiarizado con la predicción de la estructura de proteínas de novo , pero ¿existen programas que vayan de fórmula a estructura con geometría óptima de pequeños químicos aleatorios (digamos 30 átomos)? Encontré http://cccbdb.nist.gov/mdlmol1.asp pero selecciona archivos mol de una base de datos limitada. Necesito un programa UNIX de línea de comando que calcule moles a partir de fórmulas.
Las fórmulas estructurales concisas populares durante épocas pasadas no pueden describir todos los tipos de estructuras químicas como la morfina. No encontré ningún software compatible con csf (Smiles e inchi son populares pero están codificados y no son legibles por humanos). Cuando se conocen los enlaces de la estructura, la minimización geométrica (DG-AMMOS) orienta la estructura hacia una dirección nativa estable. http://www.mti.univ-paris-diderot.fr/fr/downloads.html
¿Intentaste usar Bioclipse :
Bioclipse se basa principalmente en el kit de desarrollo de química (CDK) y contiene un marco para gestionar y analizar compuestos químicos. Bioclipse admite la edición en 2D, el procesamiento de grandes colecciones de moléculas en tablas, el cálculo de varios tipos de propiedades y muchas más funciones de quimioinformática. La aplicación Jmol está integrada en Bioclipse como editor y proporciona visualizaciones 3D interactivas avanzadas.
Como referencia, también está USPEX , que funciona para una amplia variedad de estructuras moleculares y continuas (aunque en su mayoría inorgánicas).
USPEX se puede usar para predecir estructuras cristalinas estables en condiciones de PT dadas, conociendo solo la composición química (o para predecir tanto las composiciones como las estructuras estables, dados los tipos de elementos). USPEX también se puede utilizar para encontrar fases metaestables de baja energía, así como estructuras estables de nanopartículas, reconstrucciones de superficies, empaques moleculares en cristales orgánicos y para buscar materiales con las propiedades físicas (mecánicas, electrónicas) deseadas.
Científico loco
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