¿Por qué elegir una gramática entre muchas gramáticas que pueden describir la estructura de las proteínas? [cerrado]

¿Por qué elegimos una gramática de muchas gramáticas que pueden describir la estructura de las proteínas? Por lo general, hay muchas (quizás infinitas) gramáticas que pueden describir un idioma. ¿Por qué elegimos uno específico? Especialmente el lenguaje de las proteínas del gen solo tiene oraciones o palabras finitas.

¿Estás hablando de nomenclatura de proteínas o qué?
@MiguelÁngelNaranjoOrtiz, no, a lo que me refiero es a la descripción de la estructura de la proteína por lenguaje formal, es una investigación que trata de predecir la estructura por ADN o ARN
En realidad, cuando se describe la estructura 3D de una proteína, solo se necesitan los ángulos formados por el enlace peptídico de cada aminoácido y la secuencia de aminoácidos. Este es el tipo de datos que obtiene cuando las proteínas se resuelven mediante difracción de rayos X. Esos son datos sin procesar y, por lo general, describen la estructura de la proteína mediante diferentes nomenclaturas, como la organización del dominio o la predicción de la estructura secundaria. En este caso, describe regiones de la proteína con una estructura particular, a menudo relacionada con su función.
@MiguelÁngelNaranjoOrtiz También necesita las orientaciones de la cadena lateral para una estructura completa. Los datos brutos para rayos X son la densidad de electrones, aunque en RMN el espacio de ángulo de torsión se usa a menudo para el cálculo de estructuras.

Respuestas (1)

No entendí completamente tu pregunta, pero esto es lo que supongo que quieres saber:

  1. ¿Por qué el código genético evolucionó para ser lo que es?
  2. ¿Cómo la secuencia de la proteína codificada por un ARNm da lugar a una estructura particular?

La respuesta a la primera pregunta no puede ser definitiva. La explicación de libro de texto de por qué existe un código de 3 letras es porque un código de 2 letras no puede describir todos los 22 aminoácidos, con todas sus permutaciones. Pero luego viene otra pregunta: ¿por qué solo 22 aminoácidos? Ni siquiera puedo especular la respuesta a esta pregunta; los aminoácidos simples están bien, pero para un ejemplo de por qué la lisina y no un aminoácido similar con una cadena lateral más corta, no tengo idea.

Entonces, dados 22 aminoácidos, un código de 3 letras y 4 nucleótidos, los codones múltiples para un aminoácido son similares en secuencia (generalmente las dos primeras bases se conservan de acuerdo con la hipótesis del bamboleo. La última base generalmente no se empareja fuertemente ) . con el ARNt y tiene una importancia mínima).

La respuesta a la segunda pregunta es algo sencilla. La secuencia puede dar lugar a un número infinito de estructuras, pero en un entorno dado (que consiste en el disolvente, otros solutos, etc.), la secuencia adopta una estructura particular de acuerdo con el principio de minimización de energía libre. Existe la posibilidad de que, dado un entorno, una proteína pueda tener dos estructuras óptimas diferentes y pueda cambiar entre estas dos estructuras.

Bien, gracias por su respuesta, pero no sé por qué alguien votó en contra de mi pregunta.
Gracias, sé que no. A decir verdad, no soy biólogo y no estoy familiarizado con la bioinformación.
tal vez pueda reafirmar su pregunta en función de los comentarios y la respuesta. incluso si se responde a su consulta, será mejor para alguien que busque una respuesta existente.
¿Por qué elegir una gramática entre muchas gramáticas que pueden describir la estructura de las proteínas? [cerrado]
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