Porque el Señor Oscuro no permitía que los nacidos de muggles entraran a Hogwarts.

Bajo el gobierno del Señor Oscuro, los estudiantes tenían que demostrar su estado de sangre antes de que se les permitiera asistir a Hogwarts. No podían entrar hasta que el Ministerio certificara su pureza.

“De esta manera, Voldemort tendrá a toda la población mágica bajo su control desde una edad temprana. Y también es otra forma de descartar a los nacidos de muggles, porque a los estudiantes se les debe dar el Estatus de Sangre, lo que significa que han demostrado al Ministerio que son descendientes de magos, antes de que se les permita asistir”.
_{^{- Harry Potter y las Reliquias de la Muerte, Capítulo 11 (El Soborno)}}

Por lo tanto, ninguno de ellos estaba en Hogwarts para haber sido asesinado allí, fueron eliminados antes.

Colin Creevey no habrá asistido, vino con el ejército de Dumbledore.

Colin Creevey no habría asistido a Hogwarts porque era hijo de muggles y no se le permitiría hacerlo, pero regresó con el resto del ejército de Dumbledore cuando todos fueron llamados.

"Enviamos mensajes al resto del ejército de Dumbledore", explicó Fred. "No podías esperar que todos se perdieran la diversión, Harry, y el fiscal del distrito se lo hizo saber a la Orden del Fénix, y todo se disparó".
_{^{- Harry Potter y las Reliquias de la Muerte, Capítulo 31 (La Batalla de Hogwarts)}}

No todos los miembros del Ejército de Dumbledore asistían a Hogwarts en ese momento. Algunos de los miembros que asistieron eran demasiado mayores para haberlo sido, como Cho Chang, y algunos antes estaban escondidos, como Dean Thomas. Colin habría entrado cuando todo el Ejército de Dumbledore estuvo llamado.

Los nacidos de muggles fueron buscados y puestos en Azkaban, algunos fueron asesinados.

Aunque no fueron asesinados en Hogwarts porque no pudieron asistir, de ninguna manera fueron "salvados" o "a salvo". A los nacidos de muggles se les dijo que se presentaran para ser interrogados por el Ministerio.

“El Ministerio está decidido a erradicar a tales usurpadores del poder mágico, y con este fin ha emitido una invitación a todos los llamados nacidos de muggles para que se presenten para una entrevista con la recién nombrada Comisión de Registro de nacidos de muggles”.
_{^{- Harry Potter y las Reliquias de la Muerte, Capítulo 11 (El Soborno)}}

Si no podían demostrar que tenían un pariente mágico, eran castigados con el envío a Azkaban.

"Sin embargo, a menos que pueda probar que tiene al menos un pariente mágico cercano, ahora se considera que ha obtenido su poder mágico ilegalmente y debe sufrir el castigo".
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Los nacidos de muggles probados eran enviados a Azkaban, si no se los entregaban primero a los dementores. Arthur Weasley, que todavía trabajaba en el Ministerio, sabía que el hijo de muggles acusado al que se refería estaba allí.

"Entonces, Dirk Cresswell es diez veces más mago que tú", dijo el Sr. Weasley en voz baja, mientras el ascensor se hundía cada vez más. 'Y si sobrevive a Azkaban, tendrás que responder ante él, sin mencionar a su esposa, sus hijos y sus amigos…'
_{^{- Harry Potter y las Reliquias de la Muerte, Capítulo 13 (La Comisión de Registro de Nacidos Muggles)}}

Eran, al menos a veces, asesinados si no cumplían. Los problemáticos nacidos de muggles fueron enviados para obtener el beso del Dementor, matándolos efectivamente al succionar sus almas.

“Esta es tu advertencia final”, dijo la voz suave de Umbridge, magnificada mágicamente para que sonara claramente sobre los gritos desesperados del hombre. 'Si luchas, serás sujeto al beso del Dementor.'
_{^{- Harry Potter y las Reliquias de la Muerte, Capítulo 13 (La Comisión de Registro de Nacidos Muggles)}}

Esta no fue una amenaza vacía diseñada para asustar: el hombre de hecho fue entregado a ellos.

'Llévatelo', dijo Umbridge. Dos Dementores aparecieron en la puerta de la sala del tribunal, sus manos podridas y llenas de costras agarraban la parte superior de los brazos de un mago que parecía estar desmayándose. Se deslizaron por el pasillo con él y la oscuridad que los seguía se lo tragó y lo perdió de vista”.
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Estar escondido tampoco mantenía a salvo a los nacidos de muggles. El Ministerio los buscó activamente y pagó recompensas a cualquiera que les entregara un hijo de muggles.

“Ladrones”, dijo Ron. 'Están por todas partes, pandillas que intentan ganar oro reuniendo a hijos de muggles y traidores de sangre, hay una recompensa del Ministerio para todos los capturados. Estaba solo y parezco estar en edad escolar, se emocionaron mucho, pensaron que era un hijo de muggles escondido. Tuve que hablar rápido para evitar que me arrastraran al Ministerio”.
_{^{- Harry Potter y las Reliquias de la Muerte, Capítulo 19 (La Cierva Plateada)}}

Los nacidos de muggles fueron rastreados activamente para ser eliminados de la sociedad mágica por cualquier medio, incluso asesinados. El Señor Oscuro no los consideraba dignos de misericordia. En la posición oficial del Ministerio, se decía que habían robado su magia.

“Investigaciones recientes realizadas por el Departamento de Misterios revelan que la magia solo se puede transmitir de persona a persona cuando los magos se reproducen. Donde no existe una ascendencia mágica comprobada, por lo tanto, es probable que los llamados nacidos de muggles hayan obtenido poder mágico por robo o fuerza.
_{^{- Harry Potter y las Reliquias de la Muerte, Capítulo 11 (El Soborno)}}

No se los consideraba "sangre mágica", por lo que no valía la pena salvarlos: el Señor Oscuro y los Mortífagos no tuvieron reparos en matarlos.

No, no hubo un genocidio sistemático de hijos de muggles después del ascenso de Voldemort en el DH. Sí, algunos nacidos de muggles y muggles aleatorios fueron asesinados como una forma de terrorismo táctico.

Voldemort era malvado, no estúpido. Quería que el mundo mágico lentamente se volviera temeroso de él hasta el punto en que pudiera gobernarlos. Fíjense, el gobierno no fue tomado hasta la boda de Bill y Fleur, con el asesinato de Rufus Scrimgeour y el nombramiento de Pius Thicknesse.

Antes de ese punto, Voldemort y sus seguidores Mortífagos (ya sea voluntariamente o bajo la Maldición Imperius) se estaban filtrando gradualmente en el poder. Simplemente no había necesidad de matar a los nacidos de muggles abiertamente todavía, para no arriesgarse a una especie de levantamiento martirio del mundo mágico (matar abiertamente a los niños que estudian en una de las escuelas mágicas más infames sería lo último en la mente de Voldemort).

También podría argumentar que Voldemort tenía algo de "humanidad" en el sentido de que dudaba en derramar "sangre mágica" a menos que fuera necesario.

Porque no había razón para hacerlo, era peligroso y era difícil.

Habían venido bajo estrictas órdenes de Voldemort: Malfoy debía matar a Dumbledore y luego irse. Por supuesto, el Señor Oscuro no esperaba que Malfoy tuviera éxito, pero el plan era más o menos el mismo. ¿Por qué? Aunque Voldemort quería matar a todos los nacidos de muggles, planeaba hacerlo en algún momento después. Y el Ministerio podría aparecer en cualquier momento si se quedaban el tiempo suficiente para atacar a los nacidos de muggles porque para entonces alguien les habría avisado. Y por último, la única nacida de muggles en los pasillos esa noche era Hermione, y ella podía defenderse. El resto de los nacidos de muggles estaban en sus dormitorios, y sería difícil saber la contraseña de Gryffindor, la respuesta del acertijo de Ravenclaw y el ritmo de barril de Hufflepuff. Hufflepuff incluso tiene una forma de atrapar a los intrusos:

Una pila encantada de barriles, que solo abrirá la puerta si se golpea el barril correcto con el ritmo correcto. Si se hace incorrectamente, un barril se abrirá de golpe y cubrirá al intruso con vinagre.

Estas tres y posiblemente más razones explican por qué los mortífagos no asesinaron a ningún hijo de muggles esa noche.