En otras palabras, si dos residuos tienen números de secuencia, por ejemplo, 20 y 21, ¿están uno al lado del otro en la columna vertebral? Si no (o no necesariamente), ¿hay alguna forma de encontrar residuos consecutivos de un archivo PDB?
La convención de numeración de residuos en el PDB depende más o menos completamente del depositante de la estructura. Si bien, en términos generales, los números secuenciales están uno al lado del otro, no hay garantía de ese hecho.
Por ejemplo, el PDB permite lo que se denominan "códigos de inserción", que son residuos adicionales que interrumpen la progresión de la secuencia regular. Por ejemplo, en la entrada 1IGY del PDB entre los residuos 52 y 53 en la cadena B está el residuo "52A". Normalmente, estos códigos de inserción se utilizan porque los depositantes quieren que el esquema de numeración se corresponda con algún estándar de numeración externo, y hay residuos adicionales (por ejemplo, de la maduración por afinidad) que alterarían esta numeración.
Alternativamente, el depositante podría optar por mezclar la numeración de manera significativa. Un ejemplo de esto es la entrada 4OO9 de PDB , que es el dominio transmembrana de mGlu5 humano con una inserción de lisozima para ayudar a la cristalización. El mGlu5 está numerado desde la cadena A del 568 al 832, pero entre los residuos 678 y 680 están los residuos 1002 a 1162, que representan la lisozima insertada. (Así va 677, 678, 1002,...)
En última instancia, la única forma confiable de saber si dos residuos en el PDB que son secuenciales en la numeración son realmente secuenciales poliméricamente es observar las coordenadas y ver si están en una configuración de enlace. Puede haber alguna información sobre la numeración de residuos "fuera de servicio" en las líneas de encabezado, pero eso no siempre está claro. Por lo general, debe lidiar con tales situaciones caso por caso.
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