Log-transformación y GWAS

Antes de realizar cualquier GWAS (estudio de asociación del genoma completo) es necesario verificar la normalidad de la distribución fenotípica. Si el fenotipo se distribuye normalmente solo una vez que se transforma en registro, ¿qué datos fenotípicos tengo que usar mientras hago el GWAS? ¿El no transformado o el logaritmo transformado?

¿Cómo se calcula la significación? Si el cálculo asume que la variable de respuesta se distribuye normalmente (lo que probablemente sea el caso), entonces necesita que se distribuya normalmente (por lo tanto, se transformó logarítmicamente en su caso).

Respuestas (1)

Sí, use el fenotipo transformado logarítmicamente . si desea utilizar un término de error distribuido normalmente, y esto solo ocurrirá si el fenotipo se transforma en registro, entonces debe transformar el registro en el fenotipo.

El fenotipo debe distribuirse de la misma manera que el término de error en su modelo de regresión de GWAS.

pag h mi norte o = β 1 X D + β 2 X A + ϵ

ϵ = norte ( X | m , σ )

Siguiendo el teorema del límite central, la mayoría de los fenotipos se distribuyen normalmente. Sin embargo, hay casos en los que una distribución de Bernoulli es correcta y se debe utilizar una regresión de estilo logístico.