bioinformática/genómica [cerrado]

Estoy buscando sitios probables de truncamiento para probar la recombinación en secuencias. tengo 4 secuencias Creo que uno es la "secuencia real" y los otros 3 son recombinantes causados ​​​​por la escisión posiblemente debido a la proteinasa Arg c. Sé que mis secuencias se superponen debido a las múltiples alineaciones que he realizado con UniProt y he elegido la enzima debido a la realización de cortes en el cortador Expasy. Si alguien pudiera indicarme la dirección correcta, sería muy apreciado. Muchas gracias de antemano

-1 pregunta no es legible actualmente y no está claro con qué está luchando. edite la pregunta para que sea legible y que la pregunta en sí sea más clara.
gracias, he reformulado la pregunta, soy nuevo en este sitio. Estoy buscando sitios de truncamiento en secuencias. Si tiene alguna información sobre literatura útil, se lo agradecería mucho. Muchas gracias.
¿Puedes por favor hacer de esta una publicación redable? Publicar un montón de secuencias no me parece útil, al menos, a menos que reformule su pregunta. Estas son secuencias de proteínas, por lo que no encontrará codones de parada.
He especificado que no estoy buscando codones de parada, sino sitios de truncamiento. Las secuencias son las que estoy comparando. Lo siento, no son legibles porque no puedo pegarlas "en el marco". literatura sobre la identificación de sitios de truncamiento, ya que creo que estas secuencias son recombinantes entre sí debido a las alineaciones que he realizado. muchas gracias
¿Sitios de truncamiento de qué? ¿Proteínas? ¿Traducción de proteínas? ¿Transcripción?
mi profesor dijo propéptidos... creo que 3 de estas secuencias son recombinaciones de 1 secuencia principal que recuperé de UniProt
Entonces recomendaría usar una herramienta de alineación de secuencias (clustalw debería hacerlo) y alinear las secuencias para averiguar si hay similitudes.
He hecho esto y tengo las alineaciones que muestran que hay superposiciones... simplemente no sé qué decir para probar mi observación más allá de lo que puedo ver... así que me dijeron que buscara "sitios probables de truncamiento". "Para respaldar mi observación, de ahí mi publicación, ¿tiene alguna recomendación sobre en qué dirección debería mirar? muchas gracias
usar la opción de "texto preformateado" en el texto de alineación ayudaría a que sea mucho más legible. Y RE su comentario en su otra publicación: estoy siendo útil, por lo que no hay necesidad de comentarios groseros, las preguntas claras y correctamente escritas obtienen mejores respuestas, así es como se hacen las cosas en los sitios SE.
gracias con respecto a la opción de texto preformateado, y no fue un comentario grosero. Soy nuevo en el sitio web y todos han sido de gran ayuda. Sin embargo, si lee la publicación, verá que no es una pregunta duplicada y una respuesta innecesaria. Soy nuevo y trato de navegar por el sitio. muchas gracias
chat.stackexchange.com/rooms/1997/biology este sería un buen lugar para obtener ese tipo de ayuda
gracias, ¿sabes algo sobre la recombinación de secuencias por escisión y/o truncamientos?

Respuestas (1)

Las secuencias que ha publicado parecen ser secuencias de aminoácidos (proteínas). El codón de terminación está presente en las secuencias de ADN y en las secuencias de ARNm.

En el ADN, las bases son A, G, C y T; los codones de parada son TAG, TGA y TAA. En el ARN, las bases son A, G, C y U; los codones de terminación son UAG, UGA y UAA. En el ADN y el ARN, se utilizan otras letras para especificar la degeneración.

Lo que tienes aquí parece secuencias de proteínas. Por lo tanto, no hay codones de parada en las secuencias que ha publicado.

gracias, esto es correcto, quise decir que estaba buscando sitios de truncamiento, no detener codones.
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