Salazar probablemente eligió el lugar porque le gustó.

Cada casa tiene su sala común en un lugar diferente. Las salas comunes de Gryffindor y Ravenclaw están en torres, la sala común de Hufflepuff está en el sótano cerca de las cocinas y la sala común de Slytherin está en las mazmorras.

“Como era domingo por la mañana, casi todos los estudiantes estaban dentro de sus diversas salas comunes, los Gryffindors en una torre, los Ravenclaws en otra, los Slytherins en las mazmorras y los Hufflepuffs en el sótano cerca de las cocinas”.
_{^{- Harry Potter y el Misterio del Príncipe, Capítulo 21 (La Habitación Incognoscible)}}

Cada Fundador podría elegir dónde quería que estuviera la sala común de su casa, y hay razones por las que Salazar habría elegido las mazmorras.

La tranquilidad de las mazmorras destilaría la mente y aseguraría que los estudiantes de Slytherin permanecieran relativamente tranquilos con las otras Casas. Las mazmorras son bastante oscuras y están alejadas de la parte principal de Hogwarts. No son un lugar que la mayoría de los estudiantes buscarían sin algún tipo de propósito, por lo que sería un lugar tranquilo para estar. Además, ayudaría a mantener a distancia a los otros estudiantes, especialmente a los Gryffindors, a quienes la mayoría de los Slytherin preferirían evitar. La aversión de los otros estudiantes por las mazmorras sería útil para evitar que molestaran a los Slytherins.

La habitación secreta de Salazar estaba muy por debajo de Hogwarts, incluso por debajo de las mazmorras y la sala común de su Casa.

“Era como precipitarse por un tobogán interminable, viscoso y oscuro. Podía ver más tuberías saliendo en todas direcciones, pero ninguna tan grande como la de ellos, que se retorcía y giraba, descendiendo abruptamente, y supo que estaba cayendo más profundo debajo de la escuela que incluso las mazmorras. Detrás de él podía escuchar a Ron, golpeando ligeramente en las curvas”.
_{^{- Harry Potter y la Cámara de los Secretos, Capítulo 16 (La Cámara de los Secretos)}}

También está debajo del lago, al igual que la sala común de Slytherin, por lo que es completamente plausible que la razón fuera que Salazar simplemente prefería los lugares subterráneos con una atmósfera oscura, debajo del lago.

"Debemos estar millas debajo de la escuela", dijo Harry, su voz resonando en el túnel negro. "Debajo del lago, probablemente", dijo Ron, mirando las paredes oscuras y viscosas.
_{^{- Harry Potter y la Cámara de los Secretos, Capítulo 16 (La Cámara de los Secretos)}}

El Señor Oscuro encontró una cita de Pottermore que confirma que todos los Fundadores, que por lo tanto incluirían a Salazar, eligieron las ubicaciones de las salas comunes y los dormitorios de su Casa.

"No hay duda de que cada uno de los cuatro fundadores buscó estampar su propia marca en la escuela de magia y hechicería que tenían la intención de que fuera la mejor del mundo. Se acordó que cada uno construiría sus propias casas, por ejemplo, eligiendo la ubicación de las salas comunes y los dormitorios".
_{^{- Cámara de los Secretos (Pottermore)}}

Las mazmorras pueden no ser del gusto de todos, pero no son objetivamente malas. Es muy posible que Salazar los haya preferido activamente a otros lugares. El profesor Snape también parecía disfrutar de una atmósfera tranquila y oscura, como se vio cuando se hizo cargo del salón de clases de Defensa Contra las Artes Oscuras, que anteriormente no tenía este tipo de atmósfera antes de que el profesor Snape asumiera el cargo.

“Snape ya había impuesto su personalidad en la habitación; estaba más sombrío que de costumbre, ya que se habían corrido las cortinas sobre las ventanas y estaba iluminado por la luz de las velas”.
_{^{- Harry Potter y el Príncipe Mestizo, Capítulo 9 (el Príncipe Mestizo)}}

No estoy seguro de si realmente lo consideraría canon, pero la carta de bienvenida de Pottermore para Slytherin ciertamente parece disfrutar de la ubicación de la sala común, por lo que no es una ubicación objetivamente mala, aunque podría no ser del agrado de todos.

Nuestro emblema es la serpiente, la más sabia de las criaturas; los colores de nuestra casa son el verde esmeralda y el plateado, y nuestra sala común se encuentra detrás de una entrada oculta en las mazmorras. Como verás, sus ventanas dan a las profundidades del lago de Hogwarts. A menudo vemos al calamar gigante pasar volando y, a veces, a criaturas más interesantes. Nos gusta sentir que nuestro lugar de reunión tiene el aura de un misterioso naufragio submarino.