gimp cambió el color de mi imagen después de usar color a alfa

El "contrato" de color a alfa es que:

(result image) over (background of removed color) == initial image

Además, existe una ambigüedad: por ejemplo, un gris del que se elimina el blanco podría ser un gris idéntico totalmente opaco o un negro semitransparente. Así que Gimp elige la solución con la máxima transparencia, el negro semitransparente del ejemplo o en tu caso un amarillo bastante transparente, que sobre el azul de fondo genera el gris claro.

Para evitar esto, haga una selección que excluya las áreas que no desea cambiar. Muy a menudo esto significa:

• seleccionar fondo con selección difusa
• Select>Growpor algunos píxeles (2px en caso de bordes rígidos, puede haber más aquí)
• Color a alfa (que solo se aplicará a los píxeles seleccionados)

Además, C2A es estrictamente equivalente a pintar en Color erasemodo, por lo que puedes pintar solo el fondo con un pincel grande...

Si inspecciona cuidadosamente la página de documentación vinculada, verá el mismo comportamiento. Sus grises, que en realidad son grises completamente opacos con saturación cero, se consideran parcialmente azules. Ese azul se elimina, queda el inverso de baja saturación parcialmente transparente del azul. Así es como está programado para funcionar.

Debe usar selecciones o máscara de capa para eliminar el fondo. Aquí hay un ejemplo. La varita mágica se usa para hacer la selección y se presiona DEL:

El azul restante ha sido desaturado: