Realicé análisis diferenciales en muestras tratadas (G1E-ER4) con estradiol (diferenciación inducida por estradiol) y control (G1E). Los genes que se expresan diferencialmente en G1E-ER4 mostraron las siguientes vías.
Puedo explicar los primeros cinco: el estradiol causa estrés y se sintetiza más hemoglobina durante la diferenciación celular, también el tetrypirrol está involucrado en la síntesis de hemoglobina. La muerte celular también podría ser causada por el estrés inducido por el estradiol.
Sin embargo, no estoy seguro de por qué tengo vías de división celular o inanición, etc. ¿Qué se considera realmente inanición?
response to stress (GO:0006950)
heme metabolic process (GO:0042168)
tetrapyrrole metabolic process (GO:0033013)
regulation of apoptotic process (GO:0042981)
cell death (GO:0008219), death (GO:0016265),programmed cell death (GO:0012501)
mitotic cell cycle (GO:0000278), cell cycle (GO:0007049)
cell division (GO:0051301),nuclear division (GO:0000280)
cellular response to starvation (GO:0009267)
positive regulation of GTPase activity (GO:0043547)
regulation of localization (GO:0032879)
El análisis de ruta puede ser un poco complicado. Debido a que el enriquecimiento de la ruta se estima a partir del enriquecimiento de genes (o miARN o lo que sea) que participan en rutas superpuestas, ciertas rutas a menudo aparecen por razones que pueden tener poco que ver con su experimento. Las vías relacionadas con el ciclo celular, en particular, surgen mucho, ya que muchos genes están "relacionados con el ciclo celular". Ambos documentos analizan este fenómeno con más detalle. El segundo está detrás de un muro de pago... lo siento por eso. Si no puede acceder a él, pero quiere leerlo, estoy seguro de que podemos encontrar una manera de enviar un pdf.
Me ocupo mucho de esto en mi propia investigación. Mi estrategia habitual es hacer que el análisis de rutas sea solo una parte del análisis general. Cómo funciona exactamente depende mucho de la naturaleza de su proyecto. Por ejemplo, el enriquecimiento de la ruta podría servir simplemente como una verificación de la cordura, para ver que otros resultados no estén muy fuera de lugar. Alternativamente, es posible que desee poner otros resultados en el contexto de una vía u otra y tener datos de enriquecimiento de la vía naturalmente sería parte de esto.
Con respecto a la pregunta de qué significa exactamente la inanición en el contexto de sus resultados, es posible que, si esta vía no tiene sentido en el contexto de su experimento, entonces aparece como enriquecida porque surgieron más genes relacionados con la inanición de manera diferencial. expresado. El grado en que eso significa que sus células estaban pasando hambre podría ser discutible. Apostaría dinero a que existe una superposición significativa entre los conjuntos de genes relacionados con el hambre y los relacionados con el "estrés celular" y la "muerte celular". La muerte celular es una respuesta común a la falta de suero , por ejemplo.
¡Espero que ayude!
CKM