Me encontré con tres términos; "poli(T)45", "poli(A)45" y "(AT)15". ¿Alguien puede explicar qué son? Sé que el número se refiere a la longitud de la cadena, posiblemente poli-T es una cadena de monómeros de timina y que ss (AT) 15 se refiere a una base 30 (dAdT). Supongo que esto se refiere a un single que se parece a esto; dAdT-dAdT-dAdT... repetido 15 veces. En ese caso, ¿cuál es la d?
Poly (T) es un oligonucleótido con solo residuos de timina que se repiten. Estos se utilizan generalmente como cebadores en la PCR de transcripción inversa, ya que los ARNm eucarióticos maduros tienen una cola de poli(A) [adenosina] añadida como una modificación postranscripcional para proteger contra la degradación del ARNm. A veces también vería esto referido como un oligo dT. También podría ser la base para algunos adaptadores de extremos emparejados utilizados en la secuenciación de próxima generación (NGS)
El 45 generalmente indicaría el número de residuos en el oligonucleótido.
Poly(A) podría ser una base para un adaptador de extremo emparejado para NGS, sin embargo, necesitaría ver el contexto de dónde vio los términos para estar seguro.
d = desoxirribonucleótido, en otras palabras, se trata de un oligonucleótido de ADN (aunque Thymine también es una indicación). Técnicamente, la d se refiere al carbono 2 'en la ribosa que tiene un hidrógeno en lugar de un hidroxilo unido a él, lo que lo convierte en desoxirribosa.
Sin la d es un ribonucleótido, lo que indica que está viendo una molécula de ARN y que el carbono 2' de la ribosa tiene un grupo hidroxilo.
A veces también verá ddN (N para cualquier base). Esto indica un didesoxinucleótido de terminación de cadena que tiene un hidrógeno tanto en el carbono 2' como en el 3' en lugar de grupos hidroxilo. La razón por la que esta molécula termina la cadena es porque necesita el hidroxilo 3' para unirse a un grupo fosfato 5' para formar un enlace fosfodiéster, que es necesario para continuar el alargamiento de la molécula de ácido nucleico.
En cuanto al ss (AT) 15, creo que tiene razón al decir que se trata de una repetición de 15 pares de AT, por lo que es un oligonucleótido de 30 nucleótidos. Aunque no dijo dAdT, es probable que tenga razón en que son desoxirribonucleótidos, ya que usan timina en lugar de uracilo como base.
Por si acaso, el ss significa monocatenario, que suele ser el caso de los cebadores de oligonucleótidos para las reacciones de PCR.
Tyto alba
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