Estructura de los anticuerpos RAP (específicamente RAP-5)

[EDITAR] - Acabo de encontrar no uno sino dos documentos que abordan mi problema de estructura. Sin embargo, se refieren a RAP-1A, así que supongo que mi pregunta ahora es ¿cuál es la diferencia en la estructura y función de RAP-1A y RAP-5? ¿Alguien sabe de análisis de estructura de rayos X que se utiliza para examinar RAP-5?


pregunta original

Soy un estudiante de Física de la Universidad que escribe un artículo de revisión simulado sobre lo que me parece un anticuerpo muy 'poco físico': RAP-5.

Aunque mi conocimiento de Biología es bastante pobre, la investigación va bastante bien. Encontré muchos documentos de los años 80 que hablan sobre la realización de experimentos de inmunohisto(/cito)química, la mayoría de los cuales encuentran que RAP-5 se puede usar para determinar si una célula tiene el ras, para que puedan medir el porcentaje de células que son neoplásicas (creo que esto significa cancerosas) y contienen ras y el porcentaje de células que son normales y contienen ras. (el gen ras es un protooncogén que, al mutar, puede dar como resultado proteínas ras permanentemente activadas (p21?), lo que da como resultado la proliferación de células y, por lo tanto, puede causar tumores). Todo esto está muy bien, pero a primera vista, la inmunohistoquímica no parece implicar una gran cantidad de física (para mi tarea de biofísica), aparte del uso de un microscopio óptico.

Tenía la esperanza de poder centrar una sección de mi artículo en las técnicas físicas involucradas en la determinación de la estructura de RAP-5. Aunque parece haber mucha literatura sobre los usos de RAP-5, estoy luchando por encontrar algo sobre los detalles de por qué se puede usar en tales experimentos. En otras palabras, supongo que su función es unirse a un epítode específico de la proteína ras (los aminoácidos 10 -17 han aparecido varias veces), pero no sé si hay alguna imagen que se pueda hacer para tener una mirada a la estructura y concluir 'sí, es por eso que se une a las proteínas ras y no a otras'. ¿Existe alguna técnica que probablemente se haya utilizado para examinar la estructura de RAP-5? ¿Es probable que su estructura terciaria tenga forma de 'Y' como otros anticuerpos? ¿Difiere en estructura de RAP1-4? ( este librome informa que RAP1 y RAP2 tienen una identidad de secuencia del 60%, pero la mayoría de las fuentes parecen omitir RAP3 a 5, y alguna noche me dijeron que la familia RAP consta de RAP1A/B, RAP2A/B/C y ¡ninguno más!).

Además, si RAP-5 es un anticuerpo, ¿significa esto que se produce en el cuerpo y se involucra en la vía de señal de la proteína ras para reducir demasiada expresión de ras? (¿Tengo razón al decir que la cantidad de expresión es la cantidad de proteína que produce el gen ras?) ¿o solo se produce sintéticamente y se usa en experimentos para medir la cantidad y la ubicación de las proteínas ras?

También parece haber poca diferenciación entre las diferencias en las funciones de cada RAP. RAP-5 parece usarse bastante en experimentos que involucran Ha-ras, pero no exclusivamente. ¿Los diferentes RAP se unen a diferentes variantes de ras? Ha-ras es el único de RAP-5.

No estoy seguro si RAP5 es un anticuerpo. Parece ser más un factor de transcripción.
También tenga cuidado con su búsqueda bibliográfica, ya que existen proteínas relacionadas con Ras (RAP1A) y el dominio de proteína asociado al receptor (RAP/LRPAP)
Además, ¿estás seguro de que no estás hablando de RAB5c y no de RAP?
no es fácil determinar la estructura de rap5, pero conozco la proteína relacionada <div><a href=" creative-diagnostics.com/… anticuerpo</a><span id="_editor_bookmark_start_0" style="display: none ; altura de línea: 0px;">‍</span></div>

Respuestas (1)

La confusión a la que te enfrentas se debe a que RAP-5 en realidad se conoce como RAB5C ( GENEID ). La superfamilia ras ( revisión ) se divide en Ras, Rho, Rab y Rap. Pero las Rap GTPasas se dividen únicamente en dos categorías, RAP1 y RAP2 . Por otro lado, existen múltiples Rab GTPasas que incluyen RAB5A y RAB5C .

Hay algunas estructuras cristalinas de Rab5A y Rab5C tanto en forma humana como murina.

Ahora, para RAP-5. RAP-5 es un anticuerpo murino monoclonal que no tiene relación con la familia de proteínas RAP. Probablemente se llame RAP porque Spandidos y Wilkie no estaban pensando con claridad cuando nombraron a sus anticuerpos RAP1-5. En este caso, probablemente sea mejor que mire el anticuerpo Y13-259, que probablemente se llame así porque es el anticuerpo 259 que probaron.

Para responder a sus preguntas, específicamente, muy pocas personas han intentado obtener una estructura ya que es un anticuerpo y todos saben cómo se ven. En segundo lugar, el anticuerpo se produce en un ratón y se agrega al tejido. Y sí, los anticuerpos RAP se unen a diferentes variantes de Ras. Además, nadie usa RAP-5 ya que anti-Ras EP1125Y parece ser más popular.

Si aún desea una estructura cristalina, buscaría la patente RAP5 y buscaría la secuencia peptídica. Desde allí, puede buscar estructuras similares en la base de datos IMGT