Por lo que entiendo, los virus tienen genomas muy pequeños en relación con los de los organismos modelo estándar utilizados en la investigación biológica. Por ejemplo, según Wikipedia, "el genoma del VIH contiene nueve genes que codifican quince proteínas virales". Esto es varios órdenes de magnitud por debajo de la complejidad del genoma del ratón, por ejemplo, con más de 20 000 genes que codifican más de 50 000 proteínas.
Como estudiante de bioinformática (de una formación no biológica) que trabaja con genomas de mamíferos, a menudo encuentro que el vínculo entre el genotipo y el fenotipo es bastante abstracto y no puedo obtener una intuición completa de cómo los genomas pueden codificar las instrucciones (o recetas usando analogía de Dawkins) para crear fenotipos complejos.
Con esto en mente, me preguntaba si los virus, en particular el VIH, que sé que ha sido bien estudiado, brindan los modelos más simples para comprender los principios de cómo los genes pueden codificar los fenotipos completos de una entidad biológica funcional. Teniendo una cantidad tan pequeña de genes, supongo que es factible seguir la transcripción, traducción e interacción de todos los genes y proteínas. Si es así, ¿es cierto que entendemos cómo funcionan todos los genes y proteínas en el VIH? Si no, ¿cuál es la principal barrera en nuestra comprensión?
Disculpas por esta pregunta mal definida. Me está costando entender cómo encaja la biología celular/molecular con los fenotipos complejos que he estado estudiando en biología/fisiología del desarrollo y esperaba que un sistema biológico/de especie más simple pudiera ayudar a iluminar cómo se junta todo. Cualquier sugerencia de recursos adicionales sería muy apreciada.
Estoy seguro de que el VIH está bien estudiado ya que, como saben, tiene un genoma pequeño y es muy relevante para la investigación terapéutica, pero la regulación del virus puede ser complicada y no representativa de lo que sucede en las células normales. Por eso existen los organismos modelo. La levadura Saccharomyces cerevisiae tiene alrededor de 6000 genes y los investigadores han eliminado sistemáticamente casi todos los genes y han observado lo que le sucede a la célula. Esta información está disponible en la base de datos del genoma de saccharomyces. Por ejemplo, si busca SNF1 (que tiene un homólogo humano) en SGD ( https://www.yeastgenome.org/locus/S000002885). Puede ver los fenotipos asociados con la eliminación, la sobreexpresión, así como un resumen de lo que hace y cómo se regula (con referencias originales). No creo que haya nada mejor que eso. Mucho de lo que se sabe sobre genética y biología molecular proviene de estudios en levadura, por lo que creo que vale la pena aprender sobre genética de levadura para comprender mejor lo que sucede en las células.