En los archivos KGML , los tipos de relaciones entre genes o proteínas son precisamente activación, inhibición, expresión, represión, efecto indirecto, cambio de estado, unión/asociación, disociación, fosforilación, desfosforilación, glicosilación, ubiquitinación y metilación. Quiero saber más sobre estas interacciones. ¿Hay alguna fuente en particular de donde podría entender lo que significan estas interacciones en profundidad?
La mayoría de ellos son bastante autoexplicativos. Las vías de KEGG a menudo son vagas, ya que gran parte de la biología específica de algunas proteínas aún no se ha investigado adecuadamente; a veces solo se sabe que dos proteínas se asocian, no lo que realmente hacen.
La relación entre los dos es más fácil de predecir cuando se conoce la función de uno, por ejemplo, una proteína que interactúa con una quinasa probablemente sea fosforilada por dicha quinasa. Muchas de esas relaciones se correlacionan con modificaciones postraduccionales (glicosilación, fosforilación, ubiquitinación, acetilación, metilación, etc.) hechas a una proteína por otra. Wikipedia en realidad tiene una descripción general decente de estos con muchos ejemplos.
Varias de las otras relaciones tienen que ver con la regulación de la actividad o expresión de proteínas . Esto va un poco de la mano con lo que dije anteriormente. Algunas proteínas solo se activan una vez fosforiladas o desmetiladas, etc. Otras enzimas pueden eliminar los grupos fosfo, lo que lleva a la represión. Otros aún pueden interactuar directamente con una proteína, impidiendo que se una a su sustrato u objetivo. Tal vez la unión induce un cambio conformacional en una proteína que le permite unirse a su sustrato cuando normalmente no puede hacerlo. Algunas proteínas funcionan como factores de transcripción que activan o reprimen la expresión de ciertos genes, afectando indirectamente los niveles de proteína.
Hay todo tipo de posibilidades: los archivos KGML intentan representarlos de una manera que al menos brinde alguna indicación de cómo las interacciones entre dos proteínas pueden afectar a cada una. Espero que eso proporcione alguna idea.