¿Cuál es la diferencia entre SNP y STR?

Pensé que estos eran solo formatos diferentes de los mismos datos.

Pero parece que no hay una forma de convertir datos SNP (polimorfismo de un solo nucleótido) en datos STR (repetición corta en tándem). ¿Tengo razón?

Según tengo entendido, los SNP son básicamente una "diferencia" entre el ADN humano base (partes que nunca cambian) y el ADN dado. Mientras que los STR son hebras de ADN que difieren entre individuos.

Pero si hay suficientes SNP (es decir, todos ellos), sería trivial deducir STR, ¿verdad?

Por ejemplo, actualmente 23andMe prueba todo el genoma mitocondrial. ¿Significa que uno puede deducir fácilmente los STR?

Los STR/SSR/microsatélites son solo repeticiones cortas, mientras que los SNP se refieren a un solo nucleótido que se intercambia. Ambos pueden ser fácilmente diferentes entre humanos, pero en los STR el problema es principalmente la duración de la repetición, mientras que el SNP es la base real en ese lugar.
Es polimorfismo de un solo nucleótido , no polimerasa.
@Amory, ¿entonces básicamente los STR son algún tipo de inserciones/eliminaciones de múltiples nucleótidos?
Si quieres llamarlo así, claro. Es un número repetido, básicamente.

Respuestas (1)

¡La solución está en el nombre!

SNP : polimorfismo de un solo nucleótido

El nombre nos dice que es un cambio que afecta a un solo nucleótido y que puede haber múltiples de estos (el polimorfismo podría reescribirse como formas múltiples )

De la página de Wikipedia de SNP :

[Un SNP] es una variación de la secuencia de ADN que ocurre cuando un solo nucleótido (A, T, C o G) en el genoma (u otra secuencia compartida) difiere entre los miembros de una especie biológica o los cromosomas emparejados en un ser humano.

Entonces, por ejemplo, si toma 8 individuos y secuencia su gen XYZ, puede encontrar, en un cierto locus (= posición) en el gen:

Individuo 1: AAGGTG C AGCAGTC
Individuo 2: AAGGTG T AGCAGTC
Individuo 3: AAGGTG T AGCAGTC
Individuo 4: AAGGTG T AGCAGTC
Individuo 5: AAGGTG C AGCAGTC
Individuo 6: AAGGTG C AGCAGTC
Individuo 7: AAGGTG T AGCAGTC
Individuo 8: AAGGTG T AGCAGTC

La posición resaltada en negrita es un SNP. En este caso, solo tenemos C o T (y esto produce 2 alelos diferentes para el gen XYZ).

Esta página de la Universidad de Utah tiene una animación muy clara sobre los SNP.

STR : repetición corta en tándem

Estas son secuencias repetidas cortas. Están en tándem , es decir, uno tras otro.

STR consta de unos pocos (2-6) nucleótidos que se repiten varias (5-100) veces.
Por ejemplo , esta página de la Universidad de Arizona da el ejemplo de D7S280, un STR con secuencia (GATA) n (es decir, GATA repetido n veces)

  1 aatttttgta ttttttttag agacggggtt tcaccatgtt ggtcaggctg actatggagt
 61 tattttaagg ttaatatata taaagggtat gatagaacac ttgtcatagt ttagaacgaa
121 ctaacgatag atagatagat agatagatag atagatagat agatagatag atagacagat
181 tgatagtttt tttttatctc actaaatagt ctatagtaaa catttaatta ccaatatttg
241 gtgcaattct gtcaatgagg ataaatgtgg aatcgttata attcttaaga atatatattc
301 cctctgagtt tttgatacct cagattttaa ggcc

En este caso, las variaciones entre individuos residen en el número de veces que se repite la secuencia.

Todavía no entiendo. ¿Quieres decir que cada persona tiene una longitud de secuencia diferente? Es razonable, pero ¿no se representaría eso como inserciones y eliminaciones de SNP correspondientes?
¿Podría hacer un ejemplo de STR para varias personas, como lo hizo para SNP?
Exacto, uno pudo tener CACT CACT CACT(3 veces) y otro CACT CACT CACT CACT(4 veces). Los SNP, son mutaciones en una sola base.
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