¿Cuál es el significado biológico de encontrar palíndromos en la secuencia de ADN?

Encontré una función llamada palíndromos en Matlab que encuentra palíndromos de la secuencia de ADN. Ahora bien, ¿cuál es la intención biológica detrás de la incorporación de esta función? ¿Cuál es el significado biológico de encontrar palíndromo en secuencias de ADN?

Con respecto a una función de Matlab, probablemente se use para encontrar sitios de digestión de enzimas de restricción. Muchos, pero no todos, los sitios de reconocimiento de las enzimas de restricción son palindrómicos, y tener una función que puede buscar una secuencia y encontrar estos sitios le dará la ubicación donde se cortarán las enzimas de restricción. Los palíndromos también pueden representar lugares en los genomas donde se ha incorporado el ADN viral. Entonces, la base de la inmunidad adaptativa bacteriana son estas repeticiones palindrómicas cortas que codifican hebras de plantilla de ARN para enzimas como Cas que pueden identificar y escindir el ADN infectante.

Respuestas (3)

Mi conocimiento de biología es extremadamente limitado, pero esto es lo que sé de secuencias palindrómicas:

Las secuencias palindrómicas son sus propios complementos inversos. He visto que muchos sitios de restricción son palindrómicos. Además, algunos sitios de unión a factores de transcripción son palindrómicos. El sitio canónico de E-box, por ejemplo, se puede expresar como CANNTG.

Además, estos palíndromos, cuando ocurren en pares con una secuencia entre las ocurrencias, pueden duplicarse y unirse entre sí (cuando el ADN se transcribe a ARN, por ejemplo), y esto daría como resultado la estructura de tallo y bucle de ARN.

¿Son estos el único significado biológico? ¿Tiene la lista extensa de todos los significados posibles?
Desearía haber. En mi opinión, se aprende sobre la marcha. Tal vez Google+ profundice ayudaría a obtener una lista más larga de posibles áreas de importancia, pero una lista extensa no sirve para nada, ya que no es constante y porque la mayoría de las soluciones de problemas se realizan con el proceso de pensamiento "¿Cuáles son las soluciones disponibles para este problema?" y no "¿Cuáles son los problemas que puede abordar esta pieza individual de una solución más grande?"
@Rishika Por favor, echa un vistazo a mi respuesta
@RamRS ¿cuál debe ser la longitud de tales palíndromos?
He encontrado 6 y 8-mers, y recuerdo que un colega dijo que esa es la longitud típica que ve, pero esa afirmación puede ser específica de los sitios TFBS humanos.

Las secuencias de palíndromo son importantes en la comprensión de la bioinformática, nos ayudan a extraer patrones en las secuencias genómicas. Daré un ejemplo en VIH (aplicación muy importante).

El VIH tiene un desagradable requisito de que el virus debe mantener viva la célula. Lo hace insertándose en el genoma del huésped. Sabemos por la biología que cortar y pegar ADN funciona mejor cuando las secuencias en ambos extremos del sitio de corte son idénticas. De hecho, solemos buscar palíndromos, secuencias que se leen igual hacia adelante y hacia atrás. Sabemos que el virus prefiere integrarse en una secuencia palindrómica.

Por lo tanto, deberíamos mirar esos patrones palindrómicos para el VIH. Una vez que encontremos esas regiones, podríamos hacer una alineación con secuencias de VIH conocidas.

Busque en Google "sitios de restricción" para obtener más información.

Te recomendaría los sitios de restricción de Google, porque eso es exactamente lo que has descrito aquí. Buen ejemplo sin embargo!
@StudentT, ¿cuál debería ser el tamaño de estos palíndromos?

Esta información es principalmente de mis notas de clase de bioinfo. Los palíndromos o repeticiones invertidas en el genoma pueden ayudar en

  • Predecir regiones en el ARN que son autocomplementarias y que, por lo tanto, tienen el potencial de formar una estructura secundaria.
  • Identificación del sitio de unión de proteínas reguladoras implicadas en la regulación de la transcripción. Esto se debe a que, a veces, la proteína de unión tiene un par de monómeros que se unen a ambas secuencias (original e invertida), lo que da como resultado una interacción más fuerte que en los casos en los que solo se une un monómero.
  • Las repeticiones invertidas de pequeña longitud también están presentes en algunos transposones (aunque no soy realmente consciente de su función allí).

También encontré una sección sobre la función de las repeticiones invertidas (palíndromos) en los libros de Google que analiza el tema con más detalle.

¿Cuál debe ser la longitud de tales palíndromos?
¿Cuál es el significado biológico de encontrar palíndromos en la secuencia de ADN?
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