Los receptores nucleares pueden influir en la transcripción mucho más arriba o más abajo de sus propios sitios de unión al enlazar el ADN ( Rubina et al.; J Mol Bio 2004 ).
No estoy seguro de cómo exactamente los receptores se unen primero al ADN (los dímeros en cada sitio primero o todo el complejo en un sitio), pero en cualquier caso deberán unirse a un elemento de respuesta, luego enlazar el ADN y unir el otro. elemento de respuesta. Parece algo que debería ser obvio, pero no puedo dejar de preguntarme: ¿Cómo localizan los receptores el otro sitio?
Normalmente, simplemente diría: difusión, simplemente sucede al azar. Pero me imagino que doblar el ADN de esa manera requeriría mucha energía; demasiado para desperdiciarlo al azar tratando de encontrar otro sitio.
Probablemente esta no sea la respuesta completa, ya que no sé mucho sobre la transcripción eucariótica, pero tal vez pueda comenzar la respuesta.
En primer lugar, la flexión del ADN puede depender de la secuencia: la doble hélice no es intrínsecamente recta . El ADN también es bastante fácil de doblar: pasa la mayor parte del tiempo enrollado con bastante facilidad alrededor de histonas y eucariotas, superenrollado en cromatina .
Sin embargo, en la transcripción, hay proteínas que aparecen y provocan curvas en el ADN o incluso bucles cerrados , de modo que el complejo de iniciación de la transcripción (TIC) puede ser activado por factores de transcripción (TF) aguas arriba a medida que el ADN se invierte.
vea que esto sucede en este video alrededor de :40: http://www.youtube.com/watch?v=5MfSYnItYvg&feature=related
Creo que en algunos casos podría haber otras proteínas unidas aguas arriba del TIC para aumentar la influencia de varios TF. Sé que en genes altamente regulados (como los genes de desarrollo en animales) la regulación de la transcripción puede ser imposiblemente complicada con mucha lógica interna. El ejemplo clásico es ENDO16 de erizo de mar (ver segunda imagen) que tiene decenas de sitios de unión a proteínas frente a él.
Me dijeron que las proteínas de unión al ADN encuentran sus sitios de unión a un ritmo más rápido que la difusión. La profesora me dijo que pensaba que podría haber una tendencia a difundirse a lo largo del ADN debido a su carga. No tengo ninguna referencia para esto, pero podría ayudar a responder su pregunta sobre cómo los NR se emparejan tan rápido.
gianpaolo r