Si consideramos la homología entre dos secuencias de nucleótidos como una respuesta de sí o no a si han compartido una secuencia ancestral común, entonces, dado que toda la vida comparte un ancestro común y las secuencias las llevan los seres vivos, ¿cómo pueden dos secuencias biológicas ser otra cosa que homólogas? ?
Una posibilidad en la que puedo pensar es tal vez la transformación natural en bacterias, pero aun así, las secuencias de ADN recogidas deben haber venido de una fuente biológica.
(Supongo que debe ser posible que haya secuencias que no sean homólogas, porque de lo contrario no habría necesidad de señalar qué cosas son homólogas, es decir, supongo que el concepto de homología de secuencia no sería tan utilizado como es ahora)
Ha habido cierta discusión sobre mi afirmación de que la homología debería tomar un valor booleano. Como he dicho en los comentarios, para esto me refiero a Inkpen, SA & Doolittle, "Molecular Phylogenetics and the Perennial Problem of Homology" de WF J en Mol Evol (2016), pp. 187.
Sin embargo, existe un entendimiento general de que fusionar el grado de similitud y la inferencia de descendencia común es siempre un mal uso del concepto, que no puede haber tal cosa como un "porcentaje de homología".
La homología en este contexto siempre es una cuestión de grado , precisamente debido a la ascendencia compartida. Las medidas de homología son a menudo en términos de "porcentaje de homología" (o más a menudo "porcentaje de similitud" como evidencia de homología) o alguna otra medida que permita la representación de ese grado .
Para enfatizar por qué esto tiene sentido, piense en una familia de receptores. En un organismo existente, podrías tener 3 receptores que son todos homólogos. Sin embargo, si los receptores 2 y 3 son más similares entre sí que con el receptor 1, entonces puede hacer algunas suposiciones mejores sobre la historia de la evolución de los receptores 1 a 3, que es probable que haya un "receptor ancestro común" para ambos 2 y 3. Hay más "información" si considera el grado de homología en lugar de solo su existencia.
En algunos extremos, las secuencias pueden ser tan diferentes que, incluso si comparten un linaje, ahora pueden haber divergido hasta el punto de que no se distinguen de las secuencias independientes. Sin embargo, las presiones selectivas evitan una reorganización tan completa en secuencias clave y, por lo tanto, se puede mantener al menos cierta homología entre organismos muy distantes.
En cuanto a decidir qué es "homólogo" versus "no homólogo", ese es un umbral algo arbitrario que depende de los niveles de evidencia y el propósito de reconocer la homología.
David
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Arsak
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