¿Cómo identifican las diferentes cadenas de proteínas?

¿Puede alguien explicar cómo se producen exactamente las diferentes cadenas de proteínas? No estoy hablando de la cadena lateral, sino de la cadena de proteínas que normalmente se etiqueta como A, B, C, etc. en el PDB. Tengo curiosidad sobre cómo se encuentran por primera vez y qué los causa. Según tengo entendido, la columna vertebral de la proteína podría estar en cualquiera de varias conformaciones y cada conformación tiene una etiqueta. ¿Es eso correcto?

Respuestas (1)

Las cadenas son polipéptidos individuales que forman un complejo proteico multimérico.

Tengo curiosidad sobre cómo se encuentran por primera vez y qué los causa.

SDS-PAGE resolverá todas las cadenas diferentes (si tienen diferente peso molecular). Las cadenas son productos de la traducción (y algunas modificaciones, como el recorte y/u otros PTM, etc.) y se ensamblan para formar el complejo proteico final.

Según tengo entendido, la columna vertebral de la proteína podría estar en cualquiera de varias conformaciones y cada conformación tiene una etiqueta. ¿Es eso correcto?

Sí. Las etiquetas se asignan según la conformación reportada.

¿Es una cadena más común que la otra? ¿Qué hace que la traducción produzca diferentes cadenas en este caso? Y finalmente, durante la cristalografía de rayos X, ¿cómo los identifican cuando hacen crecer el cristal?

Puede haber diferentes tipos de multímeros. Puede haber un homomultímero o un heteromultímero o un multímero de esta configuración ( X X ) 2 - ( Y Y ) 2 (un heterodímero de homodímeros, solo un caso arbitrario), etc. Cada cadena es un polipéptido y está codificada por un gen distinto. Es posible que en un multímero haya más número de una determinada cadena que de otra, por ejemplo X 3 Y . esto no es porque X se produce mas entonces Y sino más bien por la forma en que se ensambla el multímero. En la cristalografía de rayos X básicamente obtienes la disposición de los átomos. También puede comprender qué átomo es qué y, de manera similar, se pueden encontrar los términos. En cualquier caso, las personas no proceden simplemente a la cristalografía sin comprender las subunidades y otras propiedades bioquímicas.

¿Es una cadena más común que la otra? ¿Qué hace que la traducción produzca diferentes cadenas en este caso? Y finalmente, durante la cristalografía de rayos X, ¿cómo los identifican cuando hacen crecer el cristal? ¡Gracias de nuevo por tu ayuda!
edito la respuesta
Impresionante, esto ayuda mucho. Entonces, para ser claros, su heterodímero de homodímeros, ¿sería algo así como dos cadenas A unidas a dos cadenas B? ¿Podrían ser proteínas completamente diferentes unidas entre sí? Última pregunta: también, escojamos una estructura en particular, digamos 3GFT en el PDB. Hay 6 cadenas allí. ¿Están los 6 en la estructura formando un heterodímero ABCDEF? ¿Cuál sería un ejemplo de un homodímero (supongo que la misma cadena estaría etiquetada dos veces?) ¡Gracias de nuevo!
Pequeña adición, parece que 3GFT es un monómero, entonces, ¿cómo entran en juego las 6 cadenas?
¿Cómo identifican las diferentes cadenas de proteínas?
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